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- PDB-1m08: Crystal structure of the unbound nuclease domain of ColE7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m08
タイトルCrystal structure of the unbound nuclease domain of ColE7
要素Colicin E7
キーワードHYDROLASE / HNH motif / endonuclease / colicin / Zn-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


extrachromosomal circular DNA / endonuclease activity / killing of cells of another organism / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / defense response to bacterium / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Colicin E7 immunity protein; Chain B, fragment: Endonuclease domain / Colicin/pyocin, DNase domain / Colicin/pyocin, DNase domain superfamily / Colicin/Pyocin-S2, DNase domain / Colicin, receptor domain / Coiled-coil receptor-binding R-domain of colicin E2 / Cloacin colicin family / Colicin-like bacteriocin tRNase domain / Pyosin/cloacin translocation domain / Pyosin/cloacin translocation domain superfamily ...Colicin E7 immunity protein; Chain B, fragment: Endonuclease domain / Colicin/pyocin, DNase domain / Colicin/pyocin, DNase domain superfamily / Colicin/Pyocin-S2, DNase domain / Colicin, receptor domain / Coiled-coil receptor-binding R-domain of colicin E2 / Cloacin colicin family / Colicin-like bacteriocin tRNase domain / Pyosin/cloacin translocation domain / Pyosin/cloacin translocation domain superfamily / HNH nucleases / HNH nuclease / His-Me finger superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Colicin-E7
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli str. K12 substr. (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Cheng, Y.S. / Hsia, K.C. / Doudeva, L.G. / Chak, K.F. / Yuan, H.S.
引用
ジャーナル: J.mol.biol. / 年: 2002
タイトル: The Crystal Structure of the Nuclease Domain of Colicin E7 Suggests a Mechanism for Binding to Double-stranded DNA by the H-N-H Endonucleases
著者: Cheng, Y.S. / Hsia, K.C. / Doudeva, L.G. / Chak, K.F. / Yuan, H.S.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1999
タイトル: The crystal structure of the DNase domain of colicin E7 in complex with its inhibitor Im7 protein
著者: Ko, T.P. / Liao, C.C. / Ku, W.Y. / Chak, K.F. / Yuan, H.S.
履歴
登録2002年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32022年12月21日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 300BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S) ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). These two chains represent the biological dimer, or two biological monomers.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Colicin E7
B: Colicin E7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4496
ポリマ－30,1282
非ポリマー3214
水4,035224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.700, 39.200, 53.200
Angle α, β, γ (deg.)96.80, 103.90, 91.40
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Colicin E7


分子量: 15064.120 Da / 分子数: 2 / 断片: Nuclease Domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli str. K12 substr. (大腸菌)
生物種: Escherichia coli / 株: W3110 / 遺伝子: COLE7 or CEA / プラスミド: pQE70 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15
参照: UniProt: Q47112, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: sodium phosphate, Sodium Chloride, zinc chloride, ammonium acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
110 mg/mlnuclease ColE71drop
25 mM1dropZnCl2
30.35 Mammonium acetate1drop
46.35 %(w/v)PEG40001drop
50.025 MTris-HCl1droppH7.5
610 mM1reservoirZnCl2
70.7 Mammonium acetate1reservoir
812.7 %PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年8月8日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→40 Å / Num. all: 16335 / Num. obs: 16335 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 18.3 Å2 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 22.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Mean I/σ(I) obs: 7 / Num. unique all: 1591 / Rsym value: 0.17 / % possible all: 92.7
反射
*PLUS
最低解像度: 40 Å / % possible obs: 95 % / Num. measured all: 53594 / Rmerge(I) obs: 0.044
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92.7 % / Rmerge(I) obs: 0.173

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7CEI

7cei


解像度: 2.1→25.61 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 369065.68 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 1603 10 %RANDOM
Rwork0.187 ---
all0.187 17113 --
obs0.187 16016 93.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.3381 Å2 / ksol: 0.370504 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 27.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.79 Å2-2.78 Å21.49 Å2
2---0.73 Å2-0.43 Å2
3----5.06 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.2 Å0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→25.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2116 0 12 224 2352
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.93
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.491.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.192
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.52
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.712.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 278 10.9 %
Rwork0.202 2266 -
obs--89.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 50 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.243 / Rfactor Rwork: 0.185
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.655
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.93
LS精密化 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.18 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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