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万見
- PDB-1m07: RESIDUES INVOLVED IN THE CATALYSIS AND BASE SPECIFICITY OF CYTOTO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m07
タイトルRESIDUES INVOLVED IN THE CATALYSIS AND BASE SPECIFICITY OF CYTOTOXIC RIBONUCLEASE FROM BULLFROG (RANA CATESBEIANA)
要素
  • 5'-D(*AP*CP*GP*A)-3'
  • Ribonuclease
キーワードHYDROLASE/DNA / RC-RNase-d(ACGA) / ribonuclease / bullfrog / cytotoxicity / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA nuclease activity / carbohydrate binding / endonuclease activity / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能
P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Oocytes ribonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Rana catesbeiana (カエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Leu, Y.-J. / Chern, S.-S. / Wang, S.-C. / Hsiao, Y.-Y. / Amiraslanov, I. / Liaw, Y.-C. / Liao, Y.-D.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Residues involved in the catalysis, base specificity, and cytotoxicity of ribonuclease from Rana catesbeiana based upon mutagenesis and X-ray crystallography
著者: Leu, Y.-J. / Chern, S.-S. / Wang, S.-C. / Hsiao, Y.-Y. / Amiraslanov, I. / Liaw, Y.-C. / Liao, Y.-D.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: THE CRYSTAL STRUCTURE OF A CYTOTOXIC RIBONUCLEASE FROM THE OOCYTE OF RANA CATESBEIANA
著者: Leu, Y.-J. / Chern, S.-S. / Wang, S.-C. / Hsiao, Y.-Y. / Amiraslanov, I.R. / Liaw, Y.-C. / Liao, Y.-D.
#2: ジャーナル: J.BIOMOL.NMR / 年: 1996
タイトル: THE SECONDARY STRUCTURE OF A PYRIMIDINE-GUANINE SEQUENCE-SPECIFIC RIBONUCLEASE POSSESSING CYTOTOXIC ACTIVITY FROM THE OOCYTE OF RANA CATESBEIANA
著者: Chen, C. / Hom, K. / Huang, R.F. / Chou, P.J. / Liao, Y.D. / Huang, T.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: THE SOLUTION STRUCTURE OF A CYTOTOXIC RIBONUCLEASE FROM THE OOCYTE OF RANA CATESBEIANA (BULLFROG)
著者: Chang, C.F. / Chen, C. / Chen, Y.C. / Hom, K. / Huang, R.F. / Huang, T.H.
#4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1998
タイトル: THE RANA CATESBEIANA RCR GENE ENCODING A CYTOTOXIC RIBONUCLEASE : TISSUE DISTRIBUTION, CLONING, PURIFICATION, CYTOTOXICITY, AND ACTIVE RESIDUES FOR RNASE ACTIVITY
著者: Huang, H.C. / Wang, S.C. / Leu, Y.J. / Lu, S.C. / Liao, Y.D.
#5: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2000
タイトル: PURIFICATION AND CLONING OF CYTOTOXIC RIBONUCLEASE FROM RANA CATESBEIANA (BULLFROG)
著者: Liao, Y.D. / Huang, H.C. / Leu, Y.J. / Wei, C.W. / Tang, P.C. / Wang, S.C.
履歴
登録2002年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年11月19日Group: Other
改定 2.02019年12月25日Group: Database references / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue ...entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 400COMPOUND THE ATOMS (C6, N9, C4, C4', C5', C2', N7, C8, N1) OF RESIDUE 4 CHAIN C,D WAS FIXED IN THE REFINEMENT.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-D(*AP*CP*GP*A)-3'
D: 5'-D(*AP*CP*GP*A)-3'
A: Ribonuclease
B: Ribonuclease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3184
ポリマ－27,3184
非ポリマー00
水5,819323
1
C: 5'-D(*AP*CP*GP*A)-3'
A: Ribonuclease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6592
ポリマ－13,6592
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: 5'-D(*AP*CP*GP*A)-3'
B: Ribonuclease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6592
ポリマ－13,6592
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)28.629, 53.566, 72.203
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.31, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*AP*CP*GP*A)-3'


分子量: 1199.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 Ribonuclease / RC-RNase / Sialic acid-binding lectin / SBL-C


分子量: 12459.343 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rana catesbeiana (カエル) / 器官: oocytes / 参照: UniProt: P11916, EC: 3.1.27.5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.66 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1 M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 24 % PEG 8000, 0.05 M sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlprotein1drop
24 mMTris-HCl1droppH8.0
34 mM1dropNaCl
40.1 Mpotassium/sodium tartrate tetrahydrate1reservoir
524 %(w/v)PEG80001reservoir
60.05 Msodium citrate1reservoirpH5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 1.05 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年8月6日 / 詳細: KOHZU double crystal monochromator
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→19.68 Å / Num. all: 20226 / Num. obs: 18075 / % possible obs: 90.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.81 % / Biso Wilson estimate: 14.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / Num. unique all: 894 / Rsym value: 0.18 / % possible all: 90.5
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / Num. obs: 20226 / Num. measured all: 137742
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 90.5 % / Rmerge(I) obs: 0.18

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1精密化
ADSCデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KM8

1km8


解像度: 1.8→19.68 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / Isotropic thermal model: Overall / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 1369 7.8 %RANDOM
Rwork0.189 ---
all0.227 20134 --
obs0.227 17518 87 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 68.8524 Å2 / ksol: 0.437359 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 25.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-15.03 Å20 Å22.85 Å2
2---7.76 Å20 Å2
3----7.27 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.21 Å0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1736 160 0 323 2219
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.5
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg26.4
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg4.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d4.3
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.271.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it1.842
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.092
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it3.142.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree error% reflection obs (%)
1.8-1.880.27141636.60.24318800.01982.3
1.88-1.980.28711566.20.23219570.01984
1.98-2.10.27071676.70.21719360.01784.1
2.1-2.270.25071676.70.19419380.01584.1
2.27-2.50.239717670.18719480.01484.8
2.5-2.860.2621666.50.19421300.01590.1
2.86-3.590.2117870.16822030.01394.1
3.59-19.680.19011967.60.17521570.01391.7
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5pca.parampca.top
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.229
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg4.3
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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