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- PDB-1lyc: The impact of the physical and chemical enviroment on the molecul... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lyc
タイトルThe impact of the physical and chemical enviroment on the molecular structure of Coprinus cinereus peroxidase
要素Peroxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / peroxidase / mutant / thermostability / Coprinus cinereus
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxidase / lactoperoxidase activity / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / cellular response to oxidative stress / heme binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Fungal ligninase / Fungal ligninase, C-terminal / Fungal peroxidase extension region / Heme-binding peroxidase Ccp1-like / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. ...Fungal ligninase / Fungal ligninase, C-terminal / Fungal peroxidase extension region / Heme-binding peroxidase Ccp1-like / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase / Peroxidase / Peroxidase; domain 1 / Peroxidases proximal heme-ligand signature. / Haem peroxidase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Peroxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Coprinopsis cinerea (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Houborg, K. / Harris, P. / Petersen, J.F.W. / Rowland, P. / Poulsen, J.-C.N. / Schneider, P. / Vind, J. / Larsen, S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Impact of the physical and chemical environment on the molecular structure of Coprinus cinereus peroxidase.
著者: Houborg, K. / Harris, P. / Petersen, J. / Rowland, P. / Poulsen, J.C. / Schneider, P. / Vind, J. / Larsen, S.
履歴
登録2002年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / diffrn_source ...database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxidase
B: Peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,5518
ポリマ－71,1572
非ポリマー1,3936
水6,071337
1
A: Peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2754
ポリマ－35,5791
非ポリマー6973
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2754
ポリマ－35,5791
非ポリマー6973
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.289, 115.055, 36.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Peroxidase / E.C.1.11.1.7


分子量: 35578.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coprinopsis cinerea (菌類) / 遺伝子: CIP1 / 発現宿主: Aspergillus oryzae (米麹菌) / 参照: UniProt: P28314, peroxidase
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 337 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.25
詳細: 1.5M-1.6M NH4H2PO, pH 4.0-4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, pH 4.25, temperature 293K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法 / PH range low: 4.5 / PH range high: 4
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
11.5-1.6 M1reservoirNH4H2PO4
217-21 mg/mlprotein1drop

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンEMBL/DESY, HAMBURG BW7B10.8346
回転陽極RIGAKU21.5418
回転陽極RIGAKU31.5418
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1IMAGE PLATE1998年9月23日
RIGAKU RAXIS IIC2IMAGE PLATE1999年8月27日
MARRESEARCH3IMAGE PLATE2000年2月25日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1mirrorsSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2graphiteSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3osmic mirrorsSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.83461
21.54181
反射解像度: 1.57→15 Å / Num. all: 47148 / Num. obs: 46580 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 28.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.139 / Rsym value: 0.139
反射 シェル解像度: 1.57→1.6 Å / Rmerge(I) obs: 0.223 / Rsym value: 0.223 / % possible all: 96
反射
*PLUS
最高解像度: 1.57 Å / 最低解像度: 15 Å / Num. obs: 52771 / % possible obs: 88.2 % / Num. measured all: 155261 / Rmerge(I) obs: 0.073

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS0.9精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: future PDB deposition

解像度: 1.57→14.89 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The crystals are pseudo-merohedrally twinned. Therefore, they have been processsed in orthorhombic symmetry and the full monoclinic set has been generated hereafter, details will be described in the publication
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 4227 9.1 %RANDOM
Rwork0.223 ---
all0.225 89176 --
obs0.223 46580 98.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 60.5781 Å2 / ksol: 0.403111 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.25 Å20 Å20 Å2
2---5.58 Å20 Å2
3---15.83 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.42 Å / Luzzati sigma a free: 0.63 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.57→14.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4918 0 90 342 5350
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.781.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.252
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it0.422
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it0.672.5
LS精密化 シェル解像度: 1.57→1.67 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.598 644 4.5 %
Rwork0.588 13763 -
obs--96.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4HEM_D.PARHEM_D.TOP
精密化
*PLUS
最低解像度: 14.89 Å / Num. reflection obs: 86540
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.588

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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