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- PDB-1lwh: CRYSTAL STRUCTURE OF T. MARITIMA 4-ALPHA-GLUCANOTRANSFERASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lwh
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF T. MARITIMA 4-ALPHA-GLUCANOTRANSFERASE
要素4-alpha-glucanotransferase
キーワードTRANSFERASE / 4-alpha-glucanotransferase / alpha-amylase family / Thermotoga maritima / acarbose
機能・相同性
機能・相同性情報


4-alpha-glucanotransferase / 4-alpha-glucanotransferase activity / alpha-amylase activity / oligosaccharide catabolic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
4-alpha-glucanotransferase, C-terminal / 4-alpha-glucanotransferase, C-terminal / Oligo-1,6-glucosidase; domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase; Domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase, domain 2 / Alpha amylase / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II ...4-alpha-glucanotransferase, C-terminal / 4-alpha-glucanotransferase, C-terminal / Oligo-1,6-glucosidase; domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase; Domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase, domain 2 / Alpha amylase / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-alpha-glucanotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Roujeinikova, A. / Raasch, C. / Sedelnikova, S. / Liebl, W. / Rice, D.W.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF THERMOTOGA MARITIMA 4-ALPHA-GLUCANOTRANSFERASE AND ITS ACARBOSE COMPLEX: IMPLICATIONS FOR SUBSTRATE SPECIFICITY AND CATALYSIS
著者: Roujeinikova, A. / Raasch, C. / Sedelnikova, S. / Liebl, W. / Rice, D.W.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: CRYSTALLIZATION AND PRELIMINARY X-RAY CRYSTALLOGRAPHIC STUDIES ON 4-ALPHA-GLUCANOTRANSFERASE FROM THERMOTOGA MARITIMA
著者: Roujeinikova, A. / Raasch, C. / Sedelnikova, S. / Liebl, W. / Rice, D.W.
履歴
登録2002年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-alpha-glucanotransferase
B: 4-alpha-glucanotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,9324
ポリマ－103,8522
非ポリマー802
水3,135174
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2740 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area34580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.567, 180.282, 199.222
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-989-

HOH

詳細The dimer in the asymmetric unit is the biological unit

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要素

#1: タンパク質 4-alpha-glucanotransferase / Maltodextrin glycosyltransferase / amylomaltase / D-enzyme / Disproportionating enzyme / Oligo-1 / ...Maltodextrin glycosyltransferase / amylomaltase / D-enzyme / Disproportionating enzyme / Oligo-1 / 4-1 / 4-glucanotransferase


分子量: 51925.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: mgt / プラスミド: pTAM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M5219 / 参照: UniProt: P80099, 4-alpha-glucanotransferase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.25 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 26-29% PEG 5000, 200-300 mM Ammonium Sulphate, 3 mM CaCl2, 80 mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
詳細: Roujeinikova, A., (2001) Acta Crystallogr., Sect.D, 57, 1046.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
126-29 %(w/v)PEG5000 MME1reservoir
2200-300 mMammonium sulfate1reservoir
33 mM1reservoirCaCl2
480 mMMES1reservoirpH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年9月7日
放射モノクロメーター: triangular single crystal Si monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→100 Å / Num. obs: 45954 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 55 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 22.5
反射 シェル解像度: 2.6→2.66 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 2151 / % possible all: 63
反射
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 100 Å / % possible obs: 89 % / Num. measured all: 247046 / Rmerge(I) obs: 0.05
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 63 % / Rmerge(I) obs: 0.36

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
CNS0.9精密化
HKL-2000データ削減
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.6→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: MLF
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 2254 4.5 %RANDOM
Rwork0.224 ---
all-45037 --
obs-45037 89 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7286 0 2 174 7462
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 10 Å / Rfactor Rfree: 0.278 / Rfactor Rwork: 0.224
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_bond_d / Dev ideal: 0.01

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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