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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lwc | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF M184V MUTANT HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE IN COMPLEX WITH NEVIRAPINE | ||||||
要素 | (HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE) x 2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE / AIDS / AZT / 3TC / NRTI / NEVIRAPINE / DRUG RESISTANCE MUTATIONS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / Early Phase of HIV Life Cycle / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Integration of provirus ...integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / Early Phase of HIV Life Cycle / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / Binding and entry of HIV virion / viral life cycle / HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / Assembly Of The HIV Virion / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / Budding and maturation of HIV virion / host multivesicular body / protein processing / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / peptidase activity / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / viral translational frameshifting / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / DNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.62 Å | ||||||
データ登録者 | Ren, J. / Chamberlain, P.P. / Nichols, C.E. / Douglas, L. / Stuart, D.I. / Stammers, D.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Virol. / 年: 2002 タイトル: Crystal structures of Zidovudine- or Lamivudine-resistant human immunodeficiency virus type 1 reverse transcriptases containing mutations at codons 41, 184, and 215. 著者: Chamberlain, P.P. / Ren, J. / Nichols, C.E. / Douglas, L. / Lennerstrand, J. / Larder, B.A. / Stuart, D.I. / Stammers, D.K. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001 タイトル: Structural Mechanisms of Drug Resistance for Mutations at Codons 181 and 188 in HIV-1 Reverse Transcriptase and the Improved Resilience of Second Generation Non-Nucleoside Inhibitors 著者: Ren, J. / Nichols, C.E. / Bird, L.E. / Chamberlain, P. / Weaver, K.L. / Short, S.A. / Stuart, D.I. / Stammers, D.K. #2: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2001 タイトル: 2-Amino-6-Arylsulfonylbenzonitriles as Non-Nucleoside reverse Transcriptase Inhibitors of HIV-1 著者: Chan, J.H. / Hong, J.S. / Hunter III, R.N. / Orr, G.F. / Cowan, J.R. / Sherman, D.B. / Sparks, S.M. / Reitter, B.E. / Andrews III, C.W. / Hazen, R.J. / St Clair, M. / Boone, L.R. / Ferris, R. ...著者: Chan, J.H. / Hong, J.S. / Hunter III, R.N. / Orr, G.F. / Cowan, J.R. / Sherman, D.B. / Sparks, S.M. / Reitter, B.E. / Andrews III, C.W. / Hazen, R.J. / St Clair, M. / Boone, L.R. / Ferris, R.G. / Creech, K.L. / Roberts, G.B. / Short, S.A. / Weaver, K.L. / Ott, R.J. / Ren, J. / Hopkins, A.L. / Stuart, D.I. / Stammers, D.K. #3: ジャーナル: Structure / 年: 2000 タイトル: Structural Basis for the Resilience of Efavirenz (Dmp-266) to Drug Resistance Mutations in HIV-1 Reverse Transcriptase 著者: Ren, J. / Milton, J. / Weaver, K.L. / Short, S.A. / Stuart, D.I. / Stammers, D.K. #4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000 タイトル: Binding of the Second Generation Non-Nucleoside Inhibitor S-1153 to HIV-1 Reverse Transcriptase Involves Extensive Main Chain Hydrogen Bonding 著者: Ren, J. / Nichols, C.E. / Bird, L.E. / Fujiwara, T. / Sugimoto, H. / Stuart, D.I. / Stammers, D.K. #5: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000 タイトル: Phenethylthiazolylthiourea (Pett) Non-Nucleoside Inhibitors of HIV-1 and HIV-2 Reverse Transcriptases. Structural and Biochemical Analyses 著者: Ren, J. / Diprose, J. / Warren, J. / Esnouf, R.M. / Bird, L.E. / Ikemizu, S. / Slater, M. / Milton, J. / Balzarini, J. / Stuart, D.I. / Stammers, D.K. #6: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 1999 タイトル: Crystallographic Analysis of the Binding Modes of Thiazoloisoindolinone Non-Nucleoside Inhibitors to HIV-1 Reverse Transcriptase and Comparison with Modeling Studies 著者: Ren, J. / Esnouf, R.M. / Hopkins, A.L. / Stuart, D.I. / Stammers, D.K. #7: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 1999 タイトル: Design of Mkc-442 (Emivirine) Analogues with Improved Activity Against Drug-Resistant HIV Mutants 著者: Hopkins, A.L. / Ren, J. / Tanaka, H. / Baba, M. / Okamato, M. / Stuart, D.I. / Stammers, D.K. #8: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998 タイトル: Crystal Structures of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with Carboxanilide Derivatives 著者: Ren, J. / Esnouf, R.M. / Hopkins, A.L. / Warren, J. / Balzarini, J. / Stuart, D.I. / Stammers, D.K. #9: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1998 タイトル: 3'-Azido-3'-Deoxythymidine Drug Resistance Mutations in HIV-1 Reverse Transcriptase Can Induce Long Range Conformational Changes 著者: Ren, J. / Esnouf, R.M. / Hopkins, A.L. / Jones, E.Y. / Kirby, I. / Keeling, J. / Ross, C.K. / Larder, B.A. / Stuart, D.I. / Stammers, D.K. #10: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998 タイトル: Continuous and Discontinuous Changes in the Unit Cell of HIV-1 Reverse Transcriptase Crystals on Dehydration 著者: Esnouf, R.M. / Ren, J. / Garman, E.F. / Somers, D.O. / Ross, C.K. / Jones, E.Y. / Stammers, D.K. / Stuart, D.I. #11: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1997 タイトル: Unique Features in the Structure of the Complex between HIV-1 Reverse Transcriptase and the Bis(Heteroaryl)Piperazine (Bhap) U-90152 Explain Resistance Mutations for This Non-Nucleoside Inhibitor 著者: Esnouf, R.M. / Ren, J. / Hopkins, A.L. / Ross, C.K. / Jones, E.Y. / Stammers, D.K. / Stuart, D.I. #12: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 1996 タイトル: Complexes of HIV-1 Reverse Transcriptase with Inhibitors of the HEPT Series Reveal Conformational Changes Relevant to the Design of Potent Non-Nucleoside Inhibitors 著者: Hopkins, A.L. / Ren, J. / Esnouf, R.M. / Willcox, B.E. / Jones, E.Y. / Ross, C.K. / Miyasaka, T. / Walker, R.T. / Tanaka, H. / Stammers, D.K. / Stuart, D.I. #13: ジャーナル: Structure / 年: 1995 タイトル: The Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase Complexed with 9-Chloro-TIBO: Lessons for Inhibitor Design 著者: Ren, J. / Esnouf, R.M. / Hopkins, A.L. / Ross, C.K. / Jones, E.Y. / Stammers, D.K. / Stuart, D.I. #14: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1995 タイトル: High Resolution Structures of HIV-1 RT from Four RT-Inhibitor Complexes 著者: Ren, J. / Esnouf, R.M. / Garman, E. / Somers, D.O. / Ross, C.K. / Kirby, I. / Keeling, J. / Darby, G. / Jones, E.Y. / Stuart, D.I. / Stammers, D.K. #15: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1995 タイトル: Mechanism of Inhibition of HIV-1 Reverse Transcriptase by Non-Nucleoside Inhibitors 著者: Esnouf, R.M. / Ren, J. / Ross, C.K. / Jones, E.Y. / Stammers, D.K. / Stuart, D.I. #16: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994 タイトル: Crystals of HIV-1 Reverse Transcriptase Diffracting to 2.2 A Resolution 著者: Stammers, D.K. / Somers, D.O. / Ross, C.K. / Kirby, I. / Ray, P.H. / Wilson, J.E. / Norman, M. / Ren, J. / Esnouf, R.M. / Garman, E. / Jones, E.Y. / Stuart, D.I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1lwc.cif.gz | 197.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1lwc.ent.gz | 163.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1lwc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1lwc_validation.pdf.gz | 785.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1lwc_full_validation.pdf.gz | 827.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1lwc_validation.xml.gz | 37.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1lwc_validation.cif.gz | 50.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lw/1lwc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lw/1lwc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | HIV-1 RT is a heterodimer consisting of a p66 and a p51 subunits, the p51 contains the first 440 residues of the p66. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64562.887 Da / 分子数: 1 / 断片: p66 / 変異: M184V / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirus / 遺伝子: HIV-1 POL / プラスミド: pkk233-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG-1 / 参照: UniProt: P04585, RNA-directed DNA polymerase | ||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 51366.984 Da / 分子数: 1 / 断片: p51 / 変異: M184V / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirus / 遺伝子: HIV-1 POL / プラスミド: pkk233-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG-1 / 参照: UniProt: P04585, RNA-directed DNA polymerase | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-NVP / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.81 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: pH 5.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 5 / 詳細: Stammers, D.K., (1994) J.Mol.Biol., 242, 586. | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID2 / 波長: 0.9903 / 波長: 0.9903 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年6月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9903 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.62→30 Å / Num. obs: 28631 / % possible obs: 86.8 % / Observed criterion σ(I): -1.5 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 68.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 17.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.62→2.71 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 71.6 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 134485 / Rmerge(I) obs: 0.075 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 71.6 % / Num. unique obs: 2326 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.62→29.8 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 2144345.6 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.9638 Å2 / ksol: 0.329074 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 77.2 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error free: 0.45 Å / Luzzati sigma a free: 0.45 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.62→29.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.62→2.71 Å / Rfactor Rfree error: 0.035 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / Rfactor obs: 0.207 / Rfactor Rfree: 0.28 / Rfactor Rwork: 0.214 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.388 / Rfactor Rwork: 0.314 |