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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lw6 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Complex of Subtilisin BPN' with Chymotrypsin Inhibitor 2 at 1.5 Angstrom Resolution | ||||||
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![]() | HYDROLASE / SERINE PROTEASE / INHIBITOR | ||||||
機能・相同性 | ![]() subtilisin / sporulation resulting in formation of a cellular spore / fibrinolysis / serine-type endopeptidase inhibitor activity / response to wounding / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Radisky, E.S. / Koshland JR., D.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A clogged gutter mechanism for protease inhibitors. 著者: Radisky, E.S. / Koshland Jr., D.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 89 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 65 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 444.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 445.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2sniS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28381.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: pser25 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 7255.586 Da / 分子数: 1 / Mutation: E45A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||
#3: 化合物 | ChemComp-CA / | ||
#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.91 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 8000, ammonium sulfate, sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 5.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年7月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→29.66 Å / Num. all: 57529 / Num. obs: 57374 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 12.4 Å2 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 15.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique all: 7527 / Rsym value: 0.34 / % possible all: 88.9 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 29.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.072 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 88.9 % / Rmerge(I) obs: 0.34 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2SNI 解像度: 1.5→29.66 Å / σ(F): -3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 12.71 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→29.66 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 29.7 Å / Rfactor all: 0.17 / Rfactor Rfree: 0.188 / Rfactor Rwork: 0.169 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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