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万見
- PDB-1lvl: THE REFINED STRUCTURE OF PSEUDOMONAS PUTIDA LIPOAMIDE DEHYDROGENA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lvl
タイトルTHE REFINED STRUCTURE OF PSEUDOMONAS PUTIDA LIPOAMIDE DEHYDROGENASE COMPLEXED WITH NAD+ AT 2.45 ANGSTROMS RESOLUTION
要素DIHYDROLIPOAMIDE DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydrolipoyl dehydrogenase / dihydrolipoyl dehydrogenase (NADH) activity / 2-oxoglutarate metabolic process / flavin adenine dinucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dihydrolipoamide dehydrogenase / : / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I, active site / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductases class-I active site. / FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain ...Dihydrolipoamide dehydrogenase / : / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I, active site / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductases class-I active site. / FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / Enolase-like; domain 1 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Dihydrolipoyl dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Mattevi, A. / Hol, W.G.J.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 1992
タイトル: The refined crystal structure of Pseudomonas putida lipoamide dehydrogenase complexed with NAD+ at 2.45 A resolution.
著者: Mattevi, A. / Obmolova, G. / Sokatch, J.R. / Betzel, C. / Hol, W.G.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: The Refined Crystal Structure of Lipoamide Dehydrogenase from Azotobacter Vinelandii at 2.2 Angstroms Resolution. A Comparison with the Structure of Glutathione Reductase
著者: Mattevi, A. / Schierbeek, A.J. / Hol, W.G.J.
#2: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1989
タイトル: Sequence Analysis of the Lpdv Gene for Lipoamide Dehydrogenase of Branched-Chain-Oxoacid Dehydrogenase of Pseudomonas Putida
著者: Burns, G. / Brown, T. / Hatter, K. / Sokatch, J.R.
履歴
登録1992年12月16日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 650HELIX EACH HELIX IS LABELED BY TWO DIGITS. THE FIRST INDICATES THE DOMAIN WHERE THE HELIX IS ...HELIX EACH HELIX IS LABELED BY TWO DIGITS. THE FIRST INDICATES THE DOMAIN WHERE THE HELIX IS LOCATED AND THE SECOND ONE GIVES ITS SEQUENTIAL NUMBER.

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DIHYDROLIPOAMIDE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5303
ポリマ－48,0811
非ポリマー1,4492
水3,423190
1
A: DIHYDROLIPOAMIDE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

A: DIHYDROLIPOAMIDE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,0616
ポリマ－96,1632
非ポリマー2,8984
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_544x,-y-1,-z-11
Buried area12510 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area33060 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)64.320, 108.120, 151.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Atom site foot note1: RESIDUES PRO 347 AND PRO 438 ARE CIS PROLINES.
詳細THE CRYSTALS CONTAIN ONE MONOMER PER ASYMMETRIC UNIT. THE SECOND SUBUNIT OF THE DIMER IS GENERATED BY THE TWOFOLD ROTATION ABOUT THE A AXIS: 1.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -1.00 0.00 -108.118 0.00 0.00 -1.00 -151.077

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要素

#1: タンパク質 DIHYDROLIPOAMIDE DEHYDROGENASE


分子量: 48081.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 参照: UniProt: P09063, dihydrolipoyl dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細PSEUDOMONAS PUTIDA IS THE ONLY KNOWN ORGANISM WHICH PRODUCES THREE DIFFERENT LIPOAMIDE ...PSEUDOMONAS PUTIDA IS THE ONLY KNOWN ORGANISM WHICH PRODUCES THREE DIFFERENT LIPOAMIDE DEHYDROGENASES. ONE (LIPDH VAL) OF THEM IS SPECIFIC FOR THE BRANCHED CHAIN OXOACIDDEHYDROGENASE COMPLEX. LIPDH VAL IS A DIMER OF TWO IDENTICAL SUBUNITS. EACH CHAIN IS COMPOSED OF 458 RESIDUES AND ONE MOLECULE OF FAD. THE PROTEIN WAS COCRYSTALLIZED WITH NAD+.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.95 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
220 mMNAD+1drop
316 %(w/v)PEG60001drop
450 mMHEPES1drop
50.5 mMEDTA1drop
60.02 %1dropNaN3
715 %PEG60001reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.45 Å / 最低解像度: 12 Å / Num. obs: 18731 / Rmerge(I) obs: 0.072
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.45 Å / 最低解像度: 2.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.189

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解析

ソフトウェア
名称分類
GROMOS精密化
TNT精密化
精密化解像度: 2.45→10 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
obs0.215 18085
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3372 0 97 190 3659
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.45 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. reflection all: 18085 / σ(I): 0 / Rfactor all: 0.215
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 47 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.022
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg4
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d28
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONo_plane_restr0.03

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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