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万見
- PDB-1lvf: syntaxin 6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lvf
タイトルsyntaxin 6
要素syntaxin 6
キーワードTRANSPORT PROTEIN / SNARE / three-helix bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


synaptic vesicle to endosome fusion / Intra-Golgi traffic / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / Golgi vesicle transport / vesicle fusion / vesicle docking / SNARE complex / SNAP receptor activity / endosome organization / endocytic recycling ...synaptic vesicle to endosome fusion / Intra-Golgi traffic / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / Golgi vesicle transport / vesicle fusion / vesicle docking / SNARE complex / SNAP receptor activity / endosome organization / endocytic recycling / retrograde transport, endosome to Golgi / syntaxin binding / endomembrane system / phagocytic vesicle / vesicle-mediated transport / SNARE binding / trans-Golgi network membrane / intracellular protein transport / trans-Golgi network / terminal bouton / recycling endosome / synaptic vesicle membrane / recycling endosome membrane / synaptic vesicle / regulation of protein localization / early endosome / Golgi membrane / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / nucleoplasm / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Syntaxin 6, N-terminal / Syntaxin 6, N-terminal / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #90 / SNARE domain / Syntaxin/epimorphin, conserved site / Syntaxin / Syntaxin / epimorphin family signature. / SNARE / Helical region found in SNAREs / t-SNARE coiled-coil homology domain profile. ...Syntaxin 6, N-terminal / Syntaxin 6, N-terminal / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #90 / SNARE domain / Syntaxin/epimorphin, conserved site / Syntaxin / Syntaxin / epimorphin family signature. / SNARE / Helical region found in SNAREs / t-SNARE coiled-coil homology domain profile. / Target SNARE coiled-coil homology domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Misura, K.M.S. / Bock, J.B. / Gonzalez, L.C. / Scheller, R.H. / Weis, W.I.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002
タイトル: Three-dimensional structure of the amino-terminal domain of syntaxin 6, a SNAP-25 C homolog.
著者: Misura, K.M. / Bock, J.B. / Gonzalez Jr., L.C. / Scheller, R.H. / Weis, W.I.
履歴
登録2002年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: syntaxin 6
B: syntaxin 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3302
ポリマ－25,3302
非ポリマー00
水3,711206
1
A: syntaxin 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6651
ポリマ－12,6651
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: syntaxin 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6651
ポリマ－12,6651
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.600, 54.380, 94.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 syntaxin 6


分子量: 12665.151 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain (RESIDUES 1-110) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q63635
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: PEG 8000, sodium acetate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 21 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
1150 mM1dropNaCl
25 mMbeta-mercaptoethanol1drop
310 mMHEPES1droppH7.4
430 %(v/v)PEG80001reservoir
5400 mMsodium acetate1reservoir
610 mMbeta-mercaptoethanol1reservoir
710 mMHEPES1reservoirpH7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年1月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→36.55 Å / Num. all: 12225 / Num. obs: 11792 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 9.1 Å2 / Limit h max: 18 / Limit h min: 0 / Limit k max: 25 / Limit k min: 0 / Limit l max: 45 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 1714937.98 / Observed criterion F min: 2.639
反射 シェル解像度: 2.1→2.19 Å / 冗長度: 3.9 % / Num. unique all: 11787 / Rsym value: 0.345 / % possible all: 96.7
反射
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 30 Å / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.099
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.7 % / Rmerge(I) obs: 0.345

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
直接法モデル構築
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→36.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 1217 10.3 %random
Rwork0.208 ---
all0.269 12500 --
obs0.208 11792 94.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 49.4386 Å2 / ksol: 0.35113 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 55.04 Å2 / Biso mean: 22.1 Å2 / Biso min: 9.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.28 Å20 Å20 Å2
2--4.71 Å20 Å2
3----2.43 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.22 Å0.05 Å
Luzzati d res high-2.1
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→36.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1692 0 0 206 1898
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg0.9
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg15.2
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg0.64
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.1-2.20.2191358.80.21612610.0191526139691.5
2.2-2.310.1881399.10.18512790.0161521141893.2
2.31-2.460.1961529.80.19813070.0161547145994.3
2.46-2.650.20215710.20.20413170.0161545147495.4
2.65-2.910.20413990.20413280.0171537146795.4
2.91-3.330.2216810.70.21813640.0171572153297.4
3.33-4.20.217310.90.19713550.0151591152896
4.2-36.550.2271549.20.22913640.0181673151890.7
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 10571 / Num. reflection Rfree: 1216 / Rfactor all: 0.269 / Rfactor Rfree: 0.206 / Rfactor Rwork: 0.265
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_deg / Dev ideal: 0.8728
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.219 / Rfactor Rwork: 0.216

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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