PDB-1lv7: Crystal Structure of the AAA domain of FtsH

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1lv7

タイトル

Crystal Structure of the AAA domain of FtsH

要素

FtsH

キーワード

HYDROLASE / ALPHA/BETA DOMAIN / FOUR HELIX BUNDLE

機能・相同性

機能・相同性情報

membrane protein complex / plasma membrane protein complex / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / ATP-dependent peptidase activity / protein catabolic process / metalloendopeptidase activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / zinc ion binding / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Krzywda, S. / Brzozowski, A.M. / Verma, C. / Karata, K. / Ogura, T. / Wilkinson, A.J.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: The crystal structure of the AAA domain of the ATP-dependent protease FtsH of Escherichia coli at 1.5 A resolution.
著者: Krzywda, S. / Brzozowski, A.M. / Verma, C. / Karata, K. / Ogura, T. / Wilkinson, A.J.

履歴

登録	2002年5月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2002年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1lv7.cif.gz	124.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1lv7.ent.gz	97.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1lv7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1lv7_validation.pdf.gz	417.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1lv7_full_validation.pdf.gz	423.8 KB	表示
XML形式データ	1lv7_validation.xml.gz	8.5 KB	表示
CIF形式データ	1lv7_validation.cif.gz	13.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/1lv7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/1lv7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3o9s-d 3ewi-d 5bug-1 4b0a-d 1b6b-d 6lz8-2 4llo-3 4llo-1 4gsu-2 3cwx-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (4) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (4) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (4)

登録構造単位

A: FtsH

ヘテロ分子

28.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: FtsH

ヘテロ分子

A: FtsH

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
56.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.152, 53.152, 189.066
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1263- HOH

#1: タンパク質	FtsH / Cell division protein ftsH 分子量: 27769.084 Da / 分子数: 1 / 断片: AAA domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: FTSH / プラスミド: pET-15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: P0AAI3, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 366 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.82 %

結晶化

温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: ammonium sulfate, Tris-HCl, DTT, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

結晶化

*PLUS

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	20 mM	Tris-HCl	1	drop	pH8.5
2	50 mM		1	drop		NaCl
3	1 mM	dithiothreitol	1	drop
4	10 mg/ml	protein	1	drop
5	0.1 M	Tris-HCl	1	reservoir	pH8.5
6	1.5 M	ammonium sulfate	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年1月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	PLUS 最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 44655 / % possible obs: 98.4 % / Num. measured all: 913258 / R_merge(I) obs*: 0.064
反射シェル	PLUS 最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 1.55 Å / % possible obs: 91.1 % / R_merge(I) obs: 0.261 / Mean I/σ(I) obs*: 2.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MLPHARE		位相決定
REFMAC	5.1.12	精密化

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.5→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.971 / SU B: 1.129 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.065 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17796	2198	5 %	RANDOM
R_work	0.15361	-	-	-
obs	0.15488	41544	98.23 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.559 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1900	0	25	366	2291

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	1977
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1878
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.812	1.988	2656
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.098	3	4371
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.304	5	249
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.111	0.2	291
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2174
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	385
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	393
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.26	0.2	2103
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.095	0.2	1116
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	162
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.192	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.347	0.2	100
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.143	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.338	1.5	1239
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.913	2	1993
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.639	3	738
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.82	4.5	663
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.486	2	1977
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	5.513	2	366
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	2.59	2	1955

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.54 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.239	132	-
R_work	0.22	2677	-
obs	-	-	91.1 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 19.9861 Å / Origin y: 21.6216 Å / Origin z: 55.3517 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0095 Å²	0.0118 Å²	-0.0174 Å²	-	0.0192 Å²	-0.0067 Å²	-	-	0.0799 Å²
L	0.4436 °²	0.1001 °²	0.078 °²	-	0.6263 °²	0.7367 °²	-	-	1.9477 °²
S	0.0219 Å °	-0.0711 Å °	-0.0236 Å °	0.0805 Å °	-0.0325 Å °	0.0801 Å °	0.2079 Å °	-0.141 Å °	0.0106 Å °

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. reflection obs: 421544 / % reflection R_free: 5 % / R_factor obs: 0.15488 / R_factor R_free: 0.178 / R_factor R_work: 0.154

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.018
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.811

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor R_free: 0.239 / R_factor R_work: 0.22

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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