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万見
- PDB-1lv3: Solution NMR Structure of Zinc Finger Protein yacG from Escherich... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lv3
タイトルSolution NMR Structure of Zinc Finger Protein yacG from Escherichia coli. Northeast Structural Genomics Consortium Target ET92.
要素HYPOTHETICAL PROTEIN YacG
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / zinc finger / rubredoxin knuckle / C4 tetrahedral Zn+2 / antiparallel beta strand and alpha helix / NESG Project / ET92 / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) inhibitor activity / regulation of DNA-templated transcription / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA gyrase inhibitor YacG / DNA gyrase inhibitor YacG / Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / Zinc finger, NHR/GATA-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA gyrase inhibitor YacG
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / distance geometry, simulated annealing
データ登録者Ramelot, T.A. / Cort, J.R. / Yee, A.A. / Semesi, A. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Kennedy, M.A. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2002
タイトル: NMR structure of the Escherichia coli protein YacG: a novel sequence motif in the zinc-finger family of proteins.
著者: Ramelot, T.A. / Cort, J.R. / Yee, A.A. / Semesi, A. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Kennedy, M.A.
履歴
登録2002年5月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年2月5日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_representative / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_planes / pdbx_validate_torsion / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_representative.conformer_id / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_planes.rmsd / _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num / _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.12023年6月14日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYPOTHETICAL PROTEIN YacG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6612
ポリマ－7,5951
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 40structures with favorable non-bond energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 HYPOTHETICAL PROTEIN YacG


分子量: 7595.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: yacG / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A8H8
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1114D 13C-separated NOESY
1213D 13C-separated NOESY
1313D 15N-separated NOESY
141HNHA
1512H exchange

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試料調製

詳細内容: 2mM YacG U-15N, 450 mM NaCl, 25 mM Na2HPO4, 10 mM DTT
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 450 mM salt, 25 mM phosphate buffer / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA7502
Varian INOVAVarianINOVA8003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.84構造決定
Felix98解析
VNMRcollection
Sparkyデータ解析
X-PLOR3.84Brunger, A.T.精密化
精密化手法: distance geometry, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 396 RESTRAINTS. SUMMARY OF EXPERIMENTAL CONSTRAINTS: DISTANCE CONSTRAINTS: TOTAL = 367; ZN RESTRAINTS 10; INTRA-RESIDUE [I=J] = 93; SEQUENTIAL [(I-J)=1] ...詳細: THE STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 396 RESTRAINTS. SUMMARY OF EXPERIMENTAL CONSTRAINTS: DISTANCE CONSTRAINTS: TOTAL = 367; ZN RESTRAINTS 10; INTRA-RESIDUE [I=J] = 93; SEQUENTIAL [(I-J)=1] = 120; MEDIUM RANGE [1<(I-J)<5] = 52; LONG RANGE [(I-J)>=5] = 86; NUMBER OF DISTANCE CONSTRAINTS PER RESIDUE (RESIDUES 4-40)= 9.8; DIHEDRAL-ANGLE CONSTRAINTS = 29 (16 PHI, 13 PSI); TOTAL HYDROGEN BOND CONSTRAINTS = 6 (2 PER H-BOND); TOTAL NUMBER OF CONSTRAINTS PER RESIDUE (4-40)= 10.6; NUMBER OF LONG RANGE CONSTRAINTS PER RESIDUE = 2.6; NUMBER OF STRUCTURES COMPUTED = 40; NUMBER OF STRUCTURES USED = 20. AVERAGE RESIDUAL CONSTRAINT VIOLATIONS: DISTANCE VIOLATIONS >0.0 ANG = 20. AVERAGE R.M.S. DISTANCE VIOLATION = 0.011 ANG. MAXIMUM NUMBER OF DISTANCE VIOLATIONS 26. AVERAGE DIHEDRAL ANGLE VIOLATIONS: >0 DEG = 0.8; MAX NUMBER OF ANGLE VIOLATION = 2 DEG; AVERAGE R.M.S. ANGLE VIOLATION = 0.11 DEG. RMSD VALUES: BACKBONE ATOMS (N,C,C') OF RESIDUES (4-40) = 0.46 ANG; BACKBONE ATOMS(N,C,C') OF SECONDARY STRUCTURE RESIDUES (6-17, 30-37) = 0.22 ANG; ALL HEAVY ATOMS OF RESIDUES (4-40) = 1.01 ANG; ALL HEAVY ATOMS OF SECONDARY STRUCTURE RESIDUES = 0.77 ANG. PROCHECK USING RESIDUES (4-40): MOST FAVORED REGIONS = 76%; ADDITIONAL ALLOWED REGIONS = 16%; GENEROUSLY ALLOWED REGIONS = 4%; DISALLOWED REGIONS = 4%. PROCHECK USING SECONDARY STRUCTURE RESIDUES (6-17, 30-37): MOST FAVOREDREGIONS = 95%; ADDITIONAL ALLOWED REGIONS = 5%; GENEROUSLY ALLOWED REGIONS =0%; DISALLOWED REGIONS = 0%.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with favorable non-bond energy
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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