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万見
- PDB-1luz: Crystal Structure of the K3L Protein From Vaccinia Virus (Wiscons... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1luz
タイトルCrystal Structure of the K3L Protein From Vaccinia Virus (Wisconsin Strain)
要素Protein K3
キーワードVIRAL PROTEIN / 5 stranded anti-parallel beta barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidase inhibitor activity / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Serpin, predicted, poxvirus / RNA-binding domain, S1 / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Dar, A.C. / Sicheri, F.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2002
タイトル: X-ray crystal structure and functional analysis of vaccinia virus K3L reveals molecular determinants for PKR subversion and substrate recognition.
著者: Dar, A.C. / Sicheri, F.
履歴
登録2002年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein K3
B: Protein K3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4302
ポリマ－21,4302
非ポリマー00
水1,56787
1
A: Protein K3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7151
ポリマ－10,7151
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Protein K3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7151
ポリマ－10,7151
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.119, 49.580, 59.938
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.69, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Protein K3 / Protein K2


分子量: 10715.065 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
属: Orthopoxvirus / 株: WR / 遺伝子: K3L / プラスミド: pET11d / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P18378
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.61 %
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
120 mg/mlprotein11
2300 mM11MgCl2
330 mMsodium phosphate11pH7.0
45 mMdithiothreitol11

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9788,0.9790,1.0000
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年5月1日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97881
20.9791
311
反射解像度: 1.8→500 Å / Num. obs: 112629 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 500 Å / Num. obs: 12629 / Num. measured all: 170730 / Rmerge(I) obs: 0.079

-
解析

ソフトウェア
名称分類
SHARP位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→500 Å
Rfactor反射数
Rfree0.256 1922
Rwork0.232 -
all-19455
obs-19455
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→500 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1404 0 0 87 1491
精密化
*PLUS
最低解像度: 500 Å / Rfactor Rfree: 0.256 / Rfactor Rwork: 0.232
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.29

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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