PDB-1lur: Crystal Structure of the GalM/aldose Epimerase Homologue from C. ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1lur

タイトル

Crystal Structure of the GalM/aldose Epimerase Homologue from C. elegans, Northeast Structural Genomics Target WR66

要素

aldose 1-epimerase

キーワード

ISOMERASE / vitamin B12 / methyltransferase / structural genomics / structure-based function assignment / decarboxylase / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG

機能・相同性

Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 - #10 / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Distorted Sandwich / Mainly Beta / :

機能・相同性情報

生物種

Caenorhabditis elegans (センチュウ)

手法

X線回折 /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Keller, J.P. / Xiao, R. / MacDonald, L. / Shen, J. / Acton, T. / Montelione, G. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal Structure of the GalM/aldose Epimerase Homologue from C. elegans, Northeast Structural Genomics Target WR66
著者: Keller, J.P. / Xiao, R. / MacDonald, L. / Shen, J. / Acton, T. / Montelione, G. / Hunt, J.F.

履歴

登録	2002年5月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年7月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1lur.cif.gz	148.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1lur.ent.gz	114.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1lur.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1lur_validation.pdf.gz	448.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1lur_full_validation.pdf.gz	463.7 KB	表示
XML形式データ	1lur_validation.xml.gz	34.9 KB	表示
CIF形式データ	1lur_validation.cif.gz	47 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/1lur ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/1lur	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4opn-d 2onb-d 2hs6-1 6zej-2 2ciw-d 3c0s-d 5suw-d 4gyh-d 4im4-1 1bid-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: WR66

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: aldose 1-epimerase

B: aldose 1-epimerase

ヘテロ分子

76.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: aldose 1-epimerase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: aldose 1-epimerase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.808, 91.007, 83.701
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.67, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	aldose 1-epimerase 分子量: 37954.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: NESG WR66 由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) プラスミド: pET14c / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q966D4, aldose 1-epimerase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 398 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.88 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2 詳細: PEG 600, Lithium Sulfate, TrisCl, PEG 4000, Glycerol, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年8月15日 / 詳細: Yale Mirrors
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→100 Å / Num. all: 141930 / Num. obs: 131853 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(F): -5 / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 3.36 % / R_sym value: 0.05 / Net I/σ(I): 24.35

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS	1.1	精密化
CNS	1.1	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.85→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.262	3006	-	5%
R_work	0.224	-	-	-
all	0.224	63867	-	-
obs	0.224	60770	95.2 %	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5096	0	10	398	5504

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.0055
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.509

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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