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- PDB-1lu0: Atomic Resolution Structure of Squash Trypsin Inhibitor: Unexpect... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lu0
タイトルAtomic Resolution Structure of Squash Trypsin Inhibitor: Unexpected Metal Coordination
要素Trypsin inhibitor I
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / serine protease inhibitor / metal coordination
機能・相同性Proteinase inhibitor I7, squash / Squash family serine protease inhibitor / Squash family of serine protease inhibitors signature. / Plant trypsin inhibitors / Proteinase/amylase inhibitor domain superfamily / serine-type endopeptidase inhibitor activity / extracellular region / Trypsin inhibitor 1
機能・相同性情報
生物種Cucurbita maxima (クリカボチャ)
手法X線回折 / シンクロトロン / Dual-space recycling / 解像度: 1.03 Å
データ登録者Thaimattam, R. / Tykarska, E. / Bierzynski, A. / Sheldrick, G.M. / Jaskolski, M.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: Atomic resolution structure of squash trypsin inhibitor: unexpected metal coordination.
著者: Thaimattam, R. / Tykarska, E. / Bierzynski, A. / Sheldrick, G.M. / Jaskolski, M.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1989
タイトル: The refined 2.0 A X-ray crystal structure of the complex formed between bovine beta-trypsin and CMTI-I, a trypsin inhibitor from squash seeds (Cucurbita maxima). Topological similarity ...タイトル: The refined 2.0 A X-ray crystal structure of the complex formed between bovine beta-trypsin and CMTI-I, a trypsin inhibitor from squash seeds (Cucurbita maxima). Topological similarity of the squash seed inhibitors with the carboxypeptidase A inhibitor from potatoes
著者: Bode, W. / Greyling, H.J. / Huber, R. / Otlewski, J. / Wilusz, T.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: High-Resolution Structures of Three New Trypsin-Squash-Inhibitor Complexes: A Detailed Comparison with Other Trypsins and Their Complexes
著者: Helland, R. / Berglund, G.I. / Otlewski, J. / Apostoluk, W. / Andersen, O.A. / Willassen, N.P. / Smalas, A.O.
#3: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2000
タイトル: Conservative mutation Met8 --> Leu Effects Folding and Stability of Squash Trypsin Inhibitor Cmti-I
著者: Zhukov, I. / Jaroszewski, L. / Bierzynski, A.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Relaxation matrix refinement of the solution structure of squash trypsin inhibitor
著者: Nilges, M. / Habazettl, J. / Brunger, A.T. / Holak, T.A.
履歴
登録2002年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32016年1月20日Group: Derived calculations
改定 1.42021年10月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / diffrn_source ...database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trypsin inhibitor I
B: Trypsin inhibitor I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,9887
ポリマ－6,5242
非ポリマー4645
水1,36976
1
A: Trypsin inhibitor I
B: Trypsin inhibitor I
ヘテロ分子

A: Trypsin inhibitor I
B: Trypsin inhibitor I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,97514
ポリマ－13,0484
非ポリマー92810
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_775-x+2,-y+2,z1
Buried area3410 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area8570 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)47.280, 58.630, 19.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

ZN

21B-205-

SO4

詳細Four molecules of the inhibitor coordinate a single zinc cation in a tetrahedral fashion via their Glu19 side chains. Two of them (molecules A and B) constitute the contents of the asymmetric unit. The full coordination sphere is generated by the operation: -X, -Y, Z, of a two-fold axis. The zinc cation has a special position (occupancy 0.5) on this two-fold axis.

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要素

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タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質・ペプチド Trypsin inhibitor I / CMTI-I


分子量: 3261.881 Da / 分子数: 2 / 変異: M8L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cucurbita maxima (クリカボチャ)
プラスミド: pAED4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-pLys(S) / 参照: UniProt: P01074

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非ポリマー , 5種, 81分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 8000, zinc sulfate, cacodylate, MPD, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
15 mM1reservoirZnSO4
250 mMcacodylate1reservoirpH6.5
314 %MPD1reservoir
48 %PEG80001reservoir
512 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.8919 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年4月7日
放射モノクロメーター: Si, double crystal, tunable / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.03→15 Å / Num. all: 27045 / Num. obs: 27045 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 12.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 30.7
反射 シェル解像度: 1.03→1.07 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.151 / Mean I/σ(I) obs: 2.73 / Num. unique all: 2637 / % possible all: 98.3
反射
*PLUS
最低解像度: 15 Å / Num. measured all: 252201
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.3 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXD位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: Dual-space recycling / 解像度: 1.03→10 Å / Num. parameters: 5179 / Num. restraintsaints: 6000 / Isotropic thermal model: Anisotropic / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / σ(I): -3 / StereochEM target val spec case: CSD / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: Anisotropic refinement without stereochemical restraints on main chain atoms with low Beq (<15 A**2). In both molecules (A and B) there is a salt bridge between the C-terminus and the Arg1 side chain. The Arg5 side chain in molecule A is modeled in two conformations. The Val21 and Tyr27 side chains in both molecules are modeled in double conformation. His25 has different protonation and conformation in the two molecules. The zinc and sulfate ions lie on a common two fold axis. One MPD and two glycerol molecules are modeled in the solvent region. Blocked full-matix least-squares calculations were performed at the conclusion of the refinement. In remark 500, the atoms in all cases represent complementary pairs with partial occupancies.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1449 1345 5 %RANDOM
Rwork0.12 ---
all0.1206 26990 --
obs0.1206 26990 99.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228
Refine analyzeNum. disordered residues: 5 / Occupancy sum hydrogen: 432 / Occupancy sum non hydrogen: 517.49
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.03→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数444 0 24 76 544
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.025
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.039
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.031
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.106
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.13
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.056
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.091
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å / Rfactor all: 0.12 / Rfactor Rfree: 0.1395 / Rfactor Rwork: 0.1141
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg2.7
X-RAY DIFFRACTIONs_chiral_restr0.106

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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