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- PDB-1ltx: Structure of Rab Escort Protein-1 in complex with Rab geranylgera... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ltx
タイトルStructure of Rab Escort Protein-1 in complex with Rab geranylgeranyl transferase and isoprenoid
要素
  • (RAB GERANYLGERANYLTRANSFERASE ...) x 2
  • AAAA
  • Rab Escort Protein 1
キーワードTransferase/Protein binding / RAB PRENYLATION / PRENYLTRANSFERASE / LUCINE-RICH REPEATS / POST-TRANSLATIONAL MODIFICATION / Transferase-Protein binding COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / isoprenoid binding / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / protein geranylgeranyltransferase type II / RAB geranylgeranylation / Rab-protein geranylgeranyltransferase complex / Rab geranylgeranyltransferase activity / protein geranylgeranylation / protein targeting to membrane / GDP-dissociation inhibitor activity ...RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / isoprenoid binding / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / protein geranylgeranyltransferase type II / RAB geranylgeranylation / Rab-protein geranylgeranyltransferase complex / Rab geranylgeranyltransferase activity / protein geranylgeranylation / protein targeting to membrane / GDP-dissociation inhibitor activity / small GTPase-mediated signal transduction / blood vessel development / vesicle-mediated transport / GTPase activator activity / intracellular protein transport / small GTPase binding / protein-containing complex binding / zinc ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rab protein geranylgeranyltransferase component A / : / RAE1/2 domain I, C-terminal region / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 2 / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor, domain 2 / GDP dissociation inhibitor / GDP dissociation inhibitor / Rab geranylgeranyltransferase, alpha subunit, insert-domain / Rab geranylgeranyltransferase, alpha subunit, insert-domain superfamily / Rab geranylgeranyl transferase alpha-subunit, insert domain ...Rab protein geranylgeranyltransferase component A / : / RAE1/2 domain I, C-terminal region / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 2 / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor, domain 2 / GDP dissociation inhibitor / GDP dissociation inhibitor / Rab geranylgeranyltransferase, alpha subunit, insert-domain / Rab geranylgeranyltransferase, alpha subunit, insert-domain superfamily / Rab geranylgeranyl transferase alpha-subunit, insert domain / Geranylgeranyl transferase type-2 subunit beta / Rab geranylgeranyltransferase alpha-subunit, insert domain / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor, domain 1 / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 1 / Protein prenylyltransferase / Prenyltransferase subunit beta / Protein prenyltransferase, alpha subunit / Protein prenyltransferase alpha subunit repeat / Protein prenyltransferases alpha subunit repeat profile. / PFTB repeat / Prenyltransferase and squalene oxidase repeat / Glycosyltransferase - #20 / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / Leucine-rich repeat domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Horseshoe / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FARNESYL / Rab proteins geranylgeranyltransferase component A 1 / Geranylgeranyl transferase type-2 subunit alpha / Geranylgeranyl transferase type-2 subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Pylypenko, O. / Rak, A. / Reents, R. / Niculae, A. / Thoma, N.H. / Waldmann, H. / Schlichting, I. / Goody, R.S. / Alexandrov, K.
引用
ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2003
タイトル: Structure of Rab Escort Protein-1 in Complex with Rab Geranylgeranyltransferase
著者: Pylypenko, O. / Rak, A. / Reents, R. / Niculae, A. / Sidorovitch, V. / Cioaca, M.D. / Bessolitsyna, E. / Thoma, N.H. / Waldmann, H. / Schlichting, I. / Goody, R.S. / Alexandrov, K.
#1: ジャーナル: J.STRUCT.BIOL. / 年: 2001
タイトル: Crystallization and Preliminary X-ray Diffraction Analysis of the Rab Escort Protein-1 in Complex with Rab Geranylgeranyltransferase
著者: Rak, A. / Reents, R. / Pylypenko, O. / Niculae, A. / Sidorovitch, V. / Thoma, N.H. / Waldmann, H. / Schlichting, I. / Goody, R.S. / Alexandrov, K.
履歴
登録2002年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RAB GERANYLGERANYLTRANSFERASE ALPHA SUBUNIT
B: RAB GERANYLGERANYLTRANSFERASE BETA SUBUNIT
R: Rab Escort Protein 1
P: AAAA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,0777
ポリマ－174,7704
非ポリマー3073
水1,856103
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.7, 197.3, 85.3
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.8, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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RAB GERANYLGERANYLTRANSFERASE ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 RAB GERANYLGERANYLTRANSFERASE ALPHA SUBUNIT


分子量: 64981.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: pGATEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL
参照: UniProt: Q08602, 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; -
#2: タンパク質 RAB GERANYLGERANYLTRANSFERASE BETA SUBUNIT / Geranylgeranyl transferase type II beta subunit


分子量: 36892.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL
参照: UniProt: Q08603, 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; -

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 RP

#3: タンパク質 Rab Escort Protein 1 / Rab proteins geranylgeranyltransferase component A 1


分子量: 72594.219 Da / 分子数: 1 / Mutation: A473T, G483A, Q231K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 細胞株 (発現宿主): SF21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P37727
#4: タンパク質・ペプチド AAAA


分子量: 302.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: PUTATIVE PEPTIDE.

-
非ポリマー , 4種, 106分子

#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-FAR / FARNESYL / (6E)-3,7,11-トリメチル-2,6,10-ドデカトリエン


分子量: 206.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H26
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.65 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 20% PEG 3350, 100mM KSCN, 100mM Namalonate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
詳細: used microseeding, Rak, A., (2001) J.STRUCT.BIOL., 136, 158.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115 mg/mlprotein1drop
220 %PEG33501reservoir
3100 mMKSCN1reservoir
4100 mMNamalonate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9393 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→19.7 Å / Num. all: 54362 / Num. obs: 54362 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 53.8 Å2 / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.25 / Num. unique all: 3716 / Rsym value: 0.364 / % possible all: 62.5
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.094
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 62.5 % / Num. unique obs: 3716 / Rmerge(I) obs: 0.364 / Mean I/σ(I) obs: 3.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
ProDCデータ収集
XDSデータ削減
CNS精密化
XDSデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DCE

1dce


解像度: 2.7→19.74 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 2824477.81 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 2714 5 %RANDOM
Rwork0.224 ---
all0.224 54362 --
obs0.224 54362 94.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 31.0783 Å2 / ksol: 0.342551 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 52.4 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.45 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.54 Å0.46 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→19.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10754 0 17 103 10874
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.37
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.251.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.12
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.882
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.822.5
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.397 337 4.6 %
Rwork0.346 6982 -
obs--76.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4FPP+.PARAM
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.274
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0074
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.28
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg2.37
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 2.8 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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