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- PDB-1ls9: Structure of the Cytochrome c6 from the Green Alga Cladophora glo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ls9
タイトルStructure of the Cytochrome c6 from the Green Alga Cladophora glomerata
要素CYTOCHROME C6
キーワードELECTRON TRANSPORT / omega loop / antiparallel beta-sheet / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / heme / haem / CYTOCHROME
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c6 / Cytochrome c, class IC / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome c6
類似検索 - 構成要素
生物種Cladophora glomerata (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Carpentier, W.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Structural Basis for the Molecular Properties of Cytochrome C(6)
著者: Dikiy, A. / Carpentier, W. / Vandenberghe, I. / Borsari, M. / Safarov, N. / Dikaya, E. / Van Beeumen, J. / Ciurli, S.
履歴
登録2002年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME C6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4602
ポリマ－9,8441
非ポリマー6161
水3,603200
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.063, 46.063, 100.526
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 CYTOCHROME C6


分子量: 9843.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cladophora glomerata (植物) / 参照: UniProt: P83391
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.31 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 0.2 M Na-acetate, 0.1 M Na-cacodylate, pH 6.5, 30% w/v PEG 8000, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
15 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1droppH7.6
30.2 Msodium acetate1reservoir
40.1 Msodium cacodylate1reservoirpH6.5
530 %(w/v)PEG80001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8015 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年5月17日 / 詳細: 165-mm MAR CCD
放射モノクロメーター: Triangular, Bent mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8015 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→14.8906 Å / Num. obs: 27067 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 20.25 % / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 25.3
反射 シェル解像度: 1.3→1.32 Å / 冗長度: 38.68 % / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Rsym value: 0.311 / % possible all: 97.6
反射
*PLUS
最低解像度: 14891 Å / Num. measured all: 114176 / Rmerge(I) obs: 0.053
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.6 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CTJ

1ctj


解像度: 1.3→14.684 Å / SU B: 0.55284 / SU ML: 0.02413 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.0435 / ESU R Free: 0.04757 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19034 1358 5 %RANDOM
Rwork0.14339 ---
all0.157 ---
obs0.14922 25709 98.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 16.595 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.4835 Å20 Å20 Å2
2--0.4835 Å20 Å2
3---0.0177 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→14.684 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数674 0 43 200 917
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0240.02
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0330.04
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0350.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord0.0590.05
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0160.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1380.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1650.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2780.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.0710.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd00.3
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor015
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor5.37
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor11.215
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor17.820
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.4052
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.83
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it3.3842
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it4.293
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.32 Å
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.19 / Rfactor Rwork: 0.143
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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