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万見
- PDB-1lri: BETA-CRYPTOGEIN-CHOLESTEROL COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lri
タイトルBETA-CRYPTOGEIN-CHOLESTEROL COMPLEX
要素Beta-elicitin cryptogein
キーワードTOXIN / cryptogein / cholesterol / sterol carrier protein
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated killing of host cell / symbiont-mediated perturbation of host programmed cell death / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Beta-cryptogein / Elicitin domain / Elicitin / Elicitin superfamily / Elicitin / Elicitin / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / Beta-elicitin cryptogein
類似検索 - 構成要素
生物種Phytophthora cryptogea (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Lascombe, M.-B. / Ponchet, M. / Venard, P. / Milat, M.-L. / Blein, J.-P. / Prange, T.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: The 1.45 A resolution structure of the cryptogein-cholesterol complex: a close-up view of a sterol carrier protein (SCP) active site.
著者: Lascombe, M.B. / Ponchet, M. / Venard, P. / Milat, M.L. / Blein, J.P. / Prange, T.
履歴
登録2002年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-elicitin cryptogein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7493
ポリマ－10,3271
非ポリマー4222
水1,78399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)30.964, 94.800, 65.296
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-100-

CL

21A-185-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Beta-elicitin cryptogein / fungal elicitor cryptogein / CRY


分子量: 10326.790 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Phytophthora cryptogea (真核生物) / 参照: UniProt: P15570
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.96 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: sodium chloride, cholesterol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
濃度: 4.5 M / 化学式: NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 0.964 / 波長: 0.964 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年12月17日 / 詳細: FOCUSING MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.964 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→9.6 Å / Num. obs: 17432 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 4 / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 18.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.39 / Rsym value: 0.41 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 1.448→1.48 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.152 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 1084 / Rsym value: 0.144 / % possible all: 97.3
反射
*PLUS
最低解像度: 10 Å / Num. measured all: 64233
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96 % / Rmerge(I) obs: 0.213 / Mean I/σ(I) obs: 4.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXL-97精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1BXM

1bxm


解像度: 1.45→9.6 Å / Num. parameters: 7573 / Num. restraintsaints: 9191 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: FULL ANISOTROPIC REFINEMENT EXCEPT IN DiSORDERED RESIDUES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1881 1089 6.2 %RANDOM
Rwork0.127 ---
all0.13 17432 --
obs0.127 16165 97.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228
原子変位パラメータBiso mean: 19.5 Å2
Refine analyzeNum. disordered residues: 4 / Occupancy sum hydrogen: 747.23 / Occupancy sum non hydrogen: 841.24
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→9.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数733 0 29 99 861
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.029
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0228
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.058
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.059
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.022
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.008
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.056
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.078
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.45-1.530.1690.119X-RAY DIFFRACTION261098.9
1.53-1.660.1630.109X-RAY DIFFRACTION3175100
1.66-1.890.160.102X-RAY DIFFRACTION3718100
1.89-2.30.1570.102X-RAY DIFFRACTION3507100
2.3-3.20.180.124X-RAY DIFFRACTION2802100
3.2-100.240.17X-RAY DIFFRACTION162096.6
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å / Num. reflection Rfree: 992 / % reflection Rfree: 8 % / Rfactor all: 0.13 / Rfactor Rfree: 0.168
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.03
X-RAY DIFFRACTIONs_plane_restr0.03

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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