+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lr9 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | STRUCTURE OF Fs1, THE HEPARIN-BINDING DOMAIN OF FOLLISTATIN | ||||||
![]() | Follistatin | ||||||
![]() | HORMONE/GROWTH FACTOR / follistatin / heparin-binding / Fs1 / cystine-rich / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() Antagonism of Activin by Follistatin / activin receptor antagonist activity / negative regulation of follicle-stimulating hormone secretion / ameloblast differentiation / positive regulation of hair follicle development / regulation of BMP signaling pathway / gamete generation / pattern specification process / activin binding / negative regulation of activin receptor signaling pathway ...Antagonism of Activin by Follistatin / activin receptor antagonist activity / negative regulation of follicle-stimulating hormone secretion / ameloblast differentiation / positive regulation of hair follicle development / regulation of BMP signaling pathway / gamete generation / pattern specification process / activin binding / negative regulation of activin receptor signaling pathway / heparan sulfate proteoglycan binding / negative regulation of epithelial cell differentiation / hair follicle morphogenesis / female gonad development / odontogenesis of dentin-containing tooth / keratinocyte proliferation / BMP signaling pathway / hematopoietic progenitor cell differentiation / skeletal system development / response to organic cyclic compound / cellular response to growth factor stimulus / cell differentiation / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Innis, C.A. / Hyvonen, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structures of the Heparan Sulfate-binding Domain of Follistatin: Insights into ligand binding. 著者: Innis, C.A. / Hyvonen, M. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 26.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 16.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 420.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 420.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8342.812 Da / 分子数: 1 / 断片: Heparin binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.68 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 30-35% PEG4000, 0.4 M Magnesium chloride, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年2月11日 / 詳細: Mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→38.6 Å / Num. obs: 2787 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 33.26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.171 / % possible all: 90.4 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 38.6 Å / Rmerge(I) obs: 0.1 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 2.59 Å / % possible obs: 90.4 % / Rmerge(I) obs: 0.17 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1LR7 解像度: 2.5→38.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.856 / SU B: 12.462 / SU ML: 0.287 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.65 / ESU R Free: 0.302 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.605 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→38.63 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 38.6 Å / Num. reflection obs: 2639 / Rfactor Rfree: 0.258 / Rfactor Rwork: 0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|