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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lp1 | ||||||
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タイトル | Protein Z in complex with an in vitro selected affibody | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / in vitro evolved / protein-protein complex / three-helix bundle / affibody | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hogbom, M. / Eklund, M. / Nygren, P.A. / Nordlund, P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for recognition by an in vitro evolved affibody. 著者: Hogbom, M. / Eklund, M. / Nygren, P.A. / Nordlund, P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 39.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 27.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 446.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 450.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1deeS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6447.263 Da / 分子数: 1 / 断片: In vitro selected binding protein / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 抗体 | 分子量: 6648.316 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 2-58 / Mutation: A1V, G29A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-MG / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.45 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: MgSO4, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年10月1日 |
放射 | モノクロメーター: asymmetrically cut Si(111) monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.098 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 6899 / Num. obs: 6899 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.3 % / Biso Wilson estimate: 51.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.296 / % possible all: 99.8 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 6847 / % possible obs: 99.7 % / Num. measured all: 57198 / Rmerge(I) obs: 0.05 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.8 % / Rmerge(I) obs: 0.29 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: Polyserine model of PDB entry 1DEE, chain G 解像度: 2.3→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.255 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.17 |