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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lot | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF ACTIN WITH VITAMIN D-BINDING PROTEIN | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN / STRUCTURAL PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 vitamin transmembrane transporter activity / calcidiol binding / vitamin transport / Vitamin D (calciferol) metabolism / vitamin D metabolic process / vitamin D binding / cytoskeletal motor activator activity / tropomyosin binding / mesenchyme migration / troponin I binding ...vitamin transmembrane transporter activity / calcidiol binding / vitamin transport / Vitamin D (calciferol) metabolism / vitamin D metabolic process / vitamin D binding / cytoskeletal motor activator activity / tropomyosin binding / mesenchyme migration / troponin I binding / myosin heavy chain binding / filamentous actin / actin filament bundle / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / actin filament bundle assembly / skeletal muscle myofibril / actin monomer binding / skeletal muscle fiber development / stress fiber / titin binding / actin filament polymerization / lysosomal lumen / filopodium / actin filament / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / calcium-dependent protein binding / lamellipodium / actin binding / cell body / blood microparticle / hydrolase activity / protein domain specific binding / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / magnesium ion binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Head, J.F. / Swamy, N. / Ray, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002 タイトル: Crystal structure of the complex between actin and human vitamin D-binding protein at 2.5 A resolution. 著者: Head, J.F. / Swamy, N. / Ray, R. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE AUTHOR STATES THE CONFLICT IS A VARIANT OF THE REFERENCE DATABASE SEQUENCE SWISS-PROT: P02774 |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1lot.cif.gz | 159.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1lot.ent.gz | 125.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1lot.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1lot_validation.pdf.gz | 483.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1lot_full_validation.pdf.gz | 510.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1lot_validation.xml.gz | 20.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1lot_validation.cif.gz | 30.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/1lot ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/1lot | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 51277.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02774 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 41875.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P68135 |
-非ポリマー , 4種, 95分子
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | ChemComp-CA / | #5: 化合物 | ChemComp-ATP / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.8 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG8000, cacodylate, calcium acetate, glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 39295 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 15.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique all: 3754 / % possible all: 96.7 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / Num. obs: 39585 / Num. measured all: 473796 / Rmerge(I) obs: 0.06 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.7 % / Rmerge(I) obs: 0.276 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRIES 1ATN AND 1J78 解像度: 2.5→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 52.1 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 50 Å / Rfactor Rfree: 0.275 / Rfactor Rwork: 0.223 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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