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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lop | ||||||
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タイトル | CYCLOPHILIN A COMPLEXED WITH SUCCINYL-ALA-PRO-ALA-P-NITROANILIDE | ||||||
要素 |
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キーワード | ISOMERASE/ISOMERASE INHIBITOR / ROTAMASE / ISOMERASE-ISOMERASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chaperone-mediated protein folding / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Konno, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996 タイトル: The substrate-binding site in Escherichia coli cyclophilin A preferably recognizes a cis-proline isomer or a highly distorted form of the trans isomer. 著者: Konno, M. / Ito, M. / Hayano, T. / Takahashi, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1lop.cif.gz | 50.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1lop.ent.gz | 39 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1lop.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1lop_validation.pdf.gz | 416.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1lop_full_validation.pdf.gz | 416 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1lop_validation.xml.gz | 9.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1lop_validation.cif.gz | 13.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/1lop ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/1lop | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18204.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23869, peptidylprolyl isomerase |
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#2: タンパク質・ペプチド | |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.4 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8 / 詳細: pH 8.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 288 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.8 Å / Num. obs: 13690 / % possible obs: 79 % / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.069 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 67183 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.8→5 Å / σ(F): 2 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 16 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.15 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→5 Å
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拘束条件 |
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