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万見
- PDB-1lnl: Structure of deoxygenated hemocyanin from Rapana thomasiana -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lnl
タイトルStructure of deoxygenated hemocyanin from Rapana thomasiana
要素hemocyanin
キーワードOXYGEN STORAGE/TRANSPORT / hemocyanin / deoxygenated form / oxygen / metal binding site / cooperativity / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


oxygen carrier activity / oxidoreductase activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Haemocyanin C-terminal domain / Hemocyanin; Chain: A, domain 2 / Haemocyanin beta-sandwich domain / Haemocyanin C-terminal domain superfamily / Haemocyanin beta-sandwich / di-copper center containing domain from catechol oxidase / Di-copper center containing domain from catechol oxidase / Tyrosinase CuA-binding region signature. / : / Common central domain of tyrosinase ...Haemocyanin C-terminal domain / Hemocyanin; Chain: A, domain 2 / Haemocyanin beta-sandwich domain / Haemocyanin C-terminal domain superfamily / Haemocyanin beta-sandwich / di-copper center containing domain from catechol oxidase / Di-copper center containing domain from catechol oxidase / Tyrosinase CuA-binding region signature. / : / Common central domain of tyrosinase / Tyrosinase and hemocyanins CuB-binding region signature. / Tyrosinase copper-binding domain / Di-copper centre-containing domain superfamily / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Hemocyanin type 2 unit e
類似検索 - 構成要素
生物種Rapana thomasiana (アカニシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Perbandt, M. / Guthoehrlein, E.W. / Rypniewski, W. / Idakieva, K. / Stoeva, S. / Voelter, W. / Genov, N. / Betzel, C.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: The structure of a functional unit from the wall of a gastropod hemocyanin offers a possible mechanism for cooperativity
著者: Perbandt, M. / Guthoehrlein, E.W. / Rypniewski, W. / Idakieva, K. / Stoeva, S. / Voelter, W. / Genov, N. / Betzel, C.
履歴
登録2002年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32018年7月4日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
改定 1.42019年11月20日Group: Advisory / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact ...pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn
改定 1.52020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.62024年10月16日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
Remark 999 sequence Authors informed that protein sequence has not yet been deposited in a reference database. ... sequence Authors informed that protein sequence has not yet been deposited in a reference database. Sequence published by Stoeva et al., Arch. Biochem. Biophys. 339, 149-158 (2002). Authors also informed that they are unsure if a residue is present between ARG -1 and ASN 1 on chains A,B and C.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hemocyanin
B: hemocyanin
C: hemocyanin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,60815
ポリマ－140,3723
非ポリマー1,23612
水00
1
A: hemocyanin
B: hemocyanin
C: hemocyanin
ヘテロ分子

A: hemocyanin
B: hemocyanin
C: hemocyanin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)283,21630
ポリマ－280,7456
非ポリマー2,47124
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_666-y+1,-x+1,-z+3/21
単位格子
Length a, b, c (Å)105.486, 105.486, 374.988
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 15 - 350 / Label seq-ID: 18 - 353

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC

-
要素

#1: タンパク質 hemocyanin


分子量: 46790.805 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rapana thomasiana (アカニシ) / 参照: UniProt: P83040
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Mg formate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
pH: 7.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Perbandt, M., (2001) Acta Crystallogr., D57, 1663.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 mg/mlprotein1drop
20.2 Mmagnesium formate1reservoir
320 mMTris-HCl1reservoirpH7.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 243 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.921 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年3月20日
放射モノクロメーター: synchrotron / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.921 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→20 Å / Num. obs: 33066 / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 3.3→3.383 Å / % possible all: 99.1
反射
*PLUS
最高解像度: 3.38 Å / % possible obs: 99.8 % / Num. measured all: 792618 / Rmerge(I) obs: 0.108
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 3.38 Å / 最低解像度: 3.55 Å / % possible obs: 99.7 % / Rmerge(I) obs: 0.373 / Mean I/σ(I) obs: 3.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.3→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.893 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.853 / SU ML: 0.224 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 2.8 / ESU R Free: 0.549 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28756 1653 5.1 %RANDOM
Rwork0.24776 ---
obs0.24974 30824 100 %-
all-33066 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.536 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.61 Å20 Å20 Å2
2---0.61 Å20 Å2
3---1.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9930 0 54 0 9984
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0450.02110296
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.11.92314012
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9831218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.942151673
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1740.21437
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.028212
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3580.36599
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2550.5865
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.450.388
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0560.51
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A135tight positional0.280.05
2B135tight positional0.30.05
3C135tight positional0.360.05
1A1266medium positional0.480.5
2B1266medium positional0.540.5
3C1266medium positional0.620.5
1A1305loose positional1.075
2B1305loose positional1.035
3C1305loose positional1.185
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.382 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.388 122
Rwork0.296 2125
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5604-1.08180.44862.6479-1.16862.37450.10060.288-0.0405-0.4023-0.1323-0.10230.40510.06990.03170.30120.01290.01140.1858-0.00160.116577.857-8.3989239.2718
22.9210.9601-1.05711.6764-0.90052.58540.04320.29110.0874-0.06930.10940.0248-0.1339-0.25-0.15260.16740.06110.03570.04290.03990.042588.971233.4584263.6536
32.7757-1.2438-0.53462.55440.58872.62440.12750.3355-0.3611-0.305-0.15480.08860.04620.09850.02720.04280.0130.00770.31060.00440.1653129.200914.8898285.5671
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 4054 - 408
2X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 4054 - 408
3X-RAY DIFFRACTION3CC1 - 4054 - 408
ソフトウェア
*PLUS
バージョン: 5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.38 Å / 最低解像度: 15 Å / Rfactor Rfree: 0.287 / Rfactor Rwork: 0.247
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.04
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg3.1
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 3.38 Å / 最低解像度: 3.55 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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