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- PDB-1lng: Crystal Structure of the SRP19-7S.S SRP RNA Complex of M. jannaschii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lng
タイトルCrystal Structure of the SRP19-7S.S SRP RNA Complex of M. jannaschii
要素
  • 7S.S SRP RNA
  • Signal recognition particle 19 kDa protein
キーワードSIGNALING PROTEIN/RNA / Protein-RNA complex / SIGNALING PROTEIN-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


signal recognition particle / 7S RNA binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane
類似検索 - 分子機能
Signal recognition particle, SRP19 subunit, archaeal-type / Signal recognition particle, SRP19-like subunit / Signal recognition particle, SRP19 subunit / Signal recognition particle, subunit SRP19-like superfamily / SRP19 protein / Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Signal recognition particle 19 kDa protein
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Hainzl, T. / Huang, S. / Sauer-Eriksson, A.E.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2002
タイトル: Structure of the SRP19 RNA complex and implications for signal recognition particle assembly.
著者: Hainzl, T. / Huang, S. / Sauer-Eriksson, A.E.
履歴
登録2002年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name / _software.version
改定 1.52023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 7S.S SRP RNA
A: Signal recognition particle 19 kDa protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8544
ポリマ－41,8052
非ポリマー492
水3,747208
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.521, 61.405, 155.978
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: RNA鎖 7S.S SRP RNA


分子量: 31428.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
解説: in vitro transcription
#2: タンパク質 Signal recognition particle 19 kDa protein / SRP19


分子量: 10376.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q58440
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.49 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 3350, HEPES, MgAc, CaCl, DMSO, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 335011
2HEPES11
3MgAc11
4CaCl11
5DMSO11
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 mMTris-HCl1droppH8.0
2250 mM1dropKCl
31 %beta-mercaptoethanol1drop
45 %glycerol1drop
53 mg/mlprotein1drop
65 mM1dropMgCl2
70.1 MHEPES1reservoirpH7.0
80.1 Mmagnesium acetate1reservoir
90.02 M1reservoirCaCl2
105 %dimethylsulphoxide1reservoir
1118 %PEG33501reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.12 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 18606 / Num. obs: 18606 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.099
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.332 / % possible all: 91
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 78892 / Rmerge(I) obs: 0.099
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / % possible obs: 91 % / Rmerge(I) obs: 0.332

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
CNS精密化
DENZOデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 1D4R and 1DUL

1d4r

1dul


解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 8.098 / SU ML: 0.198 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.389 / ESU R Free: 0.266 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27333 955 5.1 %RANDOM
Rwork0.22444 ---
all0.22697 18606 --
obs0.22697 17651 98.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.347 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.02 Å20 Å20 Å2
2--2.18 Å20 Å2
3----0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数727 2080 10 200 3017
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0213075
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.7042.7884628
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.917386
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.29415174
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2491
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021540
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2730.31434
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2570.5307
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2450.339
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3160.511
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8261.5435
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5982705
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.68432640
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5394.53923
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.305 68
Rwork0.245 1194
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6047-0.1131-0.12551.2217-0.22360.69230.047-0.0043-0.0402-0.0369-0.00430.0634-0.0041-0.0422-0.04270.28850.006-0.01150.2493-0.00490.370616.3583-9.466434.9391
23.1869-1.2552.73140.6394-2.31486.7911-0.3703-0.2321-0.0403-0.42710.0993-0.2539-0.607-0.4760.27090.6288-0.0151-0.04130.2949-0.11180.171328.5041-3.563695.3851
34.3689-1.47491.61623.48-1.08314.3823-0.1599-0.0157-0.28080.3397-0.1936-0.2206-0.32720.95570.35350.219-0.0713-0.00760.55460.1160.024533.995-4.103479.9917
40.8089-0.40150.26030.8044-0.5647-0.1932-0.0673-0.16550.10750.16950.0501-0.0159-0.1041-0.07840.01720.33440.0011-0.0140.3237-0.04250.324318.53183.845156.2306
50.910.06330.05150.29830.0562-0.89570.0824-0.2183-0.016-0.0120.04430.0077-0.0650.0968-0.12670.31230.00180.01260.35020.00450.314836.0895-3.050349.9714
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AB1 - 871 - 87
2X-RAY DIFFRACTION2BA140 - 1481 - 9
3X-RAY DIFFRACTION2BA233 - 23694 - 97
4X-RAY DIFFRACTION3BA182 - 19843 - 59
5X-RAY DIFFRACTION3BA226 - 23287 - 93
6X-RAY DIFFRACTION4BA149 - 18110 - 42
7X-RAY DIFFRACTION5BA199 - 22560 - 86
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rfactor all: 0.22697 / Rfactor obs: 0.225 / Rfactor Rfree: 0.275 / Rfactor Rwork: 0.225
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg2.7
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.305 / Rfactor Rwork: 0.245 / Rfactor obs: 0.245

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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