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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lmt | |||||||||
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タイトル | STRUCTURE OF A CONFORMATIONALLY CONSTRAINED ARG-GLY-ASP SEQUENCE INSERTED INTO HUMAN LYSOZYME | |||||||||
![]() | HUMAN LYSOZYME | |||||||||
![]() | HYDROLASE (O-GLYCOSYL) | |||||||||
機能・相同性 | ![]() cytolysis / antimicrobial humoral response / retina homeostasis / metabolic process / Antimicrobial peptides / specific granule lumen / azurophil granule lumen / tertiary granule lumen / lysozyme / lysozyme activity ...cytolysis / antimicrobial humoral response / retina homeostasis / metabolic process / Antimicrobial peptides / specific granule lumen / azurophil granule lumen / tertiary granule lumen / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / inflammatory response / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() | |||||||||
![]() | Matsushima, M. / Song, H. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of a conformationally constrained Arg-Gly-Asp sequence inserted into human lysozyme. 著者: Yamada, T. / Song, H. / Inaka, K. / Shimada, Y. / Kikuchi, M. / Matsushima, M. #1: ![]() タイトル: Structural and Functional Analyses of the Arg-Gly-Asp Sequence Introduced Into Human Lysozyme 著者: Yamada, T. / Matsushima, M. / Inaka, K. / Ohkubo, T. / Uyeda, A. / Maeda, T. / Titani, K. / Sekiguchi, K. / Kikuchi, M. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 39.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 29.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 763.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 766.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15343.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() | ||||
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#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / triacetyl-beta-chitotriose | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | THE LYSOZYME MOLECULE BINDS THE SACCHARIDE | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.93 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 13.0 ℃ / pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→6 Å |
反射 | *PLUS Num. obs: 12925 / Rmerge(I) obs: 0.051 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 最高解像度: 1.6 Å /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.6 Å
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拘束条件 |
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拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 0.034 |