PDB-1llr: CHOLERA TOXIN B-PENTAMER WITH LIGAND BMSC-0012

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1llr

タイトル

CHOLERA TOXIN B-PENTAMER WITH LIGAND BMSC-0012

要素

CHOLERA TOXIN B SUBUNIT

キーワード

TOXIN / ENTEROTOXIN / RECEPTOR / B-PENTAMER

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.46 Å

データ登録者

Merritt, E.A. / Hol, W.G.J.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2002
タイトル: Characterization and crystal structure of a high-affinity pentavalent receptor-binding inhibitor for cholera toxin and E. coli heat-labile enterotoxin.
著者: Merritt, E.A. / Zhang, Z. / Pickens, J.C. / Ahn, M. / Hol, W.G. / Fan, E.

履歴

登録	2002年4月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2002年8月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

Remark 600

HETEROGEN Ligand BMS-0012 is a pentavalent ligand consisting of a pentacyclen core to which are ...

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1llr.cif.gz	238.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1llr.ent.gz	197.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1llr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1llr_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1llr_full_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示
XML形式データ	1llr_validation.xml.gz	35.1 KB	表示
CIF形式データ	1llr_validation.cif.gz	46.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ll/1llr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ll/1llr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1eei 3chb
類似構造データ	1jqy-1 1rcv-d 1rd9-d 1pzj-d 1eei-d 1lt6-1 1pzk-d 1jr0-d 1eef-2 1djr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (3)

登録構造単位

D: CHOLERA TOXIN B SUBUNIT

E: CHOLERA TOXIN B SUBUNIT

F: CHOLERA TOXIN B SUBUNIT

G: CHOLERA TOXIN B SUBUNIT

H: CHOLERA TOXIN B SUBUNIT

ヘテロ分子

61.3 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.391, 65.964, 78.146
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.97, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質

CHOLERA TOXIN B SUBUNIT

分子量: 11623.267 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: CTXB / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 48890, UniProt: Q57193*PLUS

#2: 糖

ChemComp-FNG / 5-aminocarbonyl-3-nitrophenyl alpha-D-galactopyranoside

タイプ: D-saccharide / 分子量: 344.274 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₆N₂O₉

#3: 化合物

ChemComp-LNQ / 3-AMINO-4-{3-[2-(2-PROPOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-PROPYLAMINO}-CYCLOBUT-3-ENE-1,2-DIONE

分子量: 300.351 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₄N₂O₅

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 570 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.64 %

結晶化

手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 300, NACL, MGCL2, TRIS HCL, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

結晶化

*PLUS

pH: 7.5

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	5.0 mg/ml	protein	1	drop
2	100 mM	Tris-HCl	1	drop	pH7.5
3	0.17 mM	7	1	drop
4	50 mM		1	reservoir		NaCl
5	100 mM	Tris-HCl	1	reservoir	pH7.5
6	42 %	PEG300	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793
検出器	タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.46→50 Å / Num. all: 84902 / Num. obs: 84902 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 12.6
反射シェル	解像度: 1.46→1.51 Å / R_merge(I) obs: 0.475 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 81
反射	PLUS 最高解像度: 1.46 Å / 最低解像度: 50 Å / % possible obs: 97 % / 冗長度*: 4 %
反射シェル	PLUS % possible obs: 82 % / Num. unique obs: 7083 / Mean I/σ(I) obs*: 2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	4	精密化

精密化

解像度: 1.46→27 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96029 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94911 / SU B: 1.17719 / SU ML: 0.04407 / SU R Cruickshank DPI: 0.0805 / SU R_free: 0.07012 / 交差検証法: RFREE / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.07
詳細: Protein + FNG residues refined with anisotropic Uij. Remainder of ligand atoms in model refined with isotropic U.

	R_factor	反射数	Selection details
R_free	0.19072	4244	RANDOM
R_work	0.14869	-	-
obs	0.14869	84750	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: Babinet model plus mask

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.46→27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4098	0	225	570	4893

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	p_bond_d	0.02	0.02
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_d	0.04	0.04
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_deg
X-RAY DIFFRACTION	p_planar_d
X-RAY DIFFRACTION	p_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTION	p_mcbond_it	1.06	1
X-RAY DIFFRACTION	p_mcangle_it	1.6	1.5
X-RAY DIFFRACTION	p_scbond_it	2.48	2
X-RAY DIFFRACTION	p_scangle_it	3.44	3
X-RAY DIFFRACTION	p_plane_restr
X-RAY DIFFRACTION	p_chiral_restr	0.16	0.15
X-RAY DIFFRACTION	p_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTION	p_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTION	p_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTION	p_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTION	p_planar_tor
X-RAY DIFFRACTION	p_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTION	p_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTION	p_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTION	p_special_tor

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	Total num. of bins used
1.46-1.532	0.257	535	0.172	9643	X-RAY DIFFRACTION	20
1.532-1.613	0.224	529	0.129	9717	X-RAY DIFFRACTION	20
1.613-1.701	0.204	457	0.105	9092	X-RAY DIFFRACTION	20
1.701-1.801	0.186	398	0.094	8139	X-RAY DIFFRACTION	20
1.801-1.912	0.18	372	0.089	7213	X-RAY DIFFRACTION	20
1.912-2.038	0.159	322	0.094	6417	X-RAY DIFFRACTION	20
2.038-2.183	0.167	325	0.098	5592	X-RAY DIFFRACTION	20
2.183-2.349	0.156	268	0.103	4840	X-RAY DIFFRACTION	20
2.349-2.542	0.168	208	0.105	4200	X-RAY DIFFRACTION	20
2.542-2.77	0.161	192	0.121	3549	X-RAY DIFFRACTION	20
2.77-3.043	0.178	139	0.141	2982	X-RAY DIFFRACTION	20
3.043-3.376	0.173	132	0.157	2454	X-RAY DIFFRACTION	20
3.376-3.791	0.161	114	0.169	1975	X-RAY DIFFRACTION	20
3.791-4.321	0.172	79	0.209	1540	X-RAY DIFFRACTION	20
4.321-5.025	0.192	65	0.236	1150	X-RAY DIFFRACTION	20
5.025-6.002	0.358	41	0.325	865	X-RAY DIFFRACTION	20
6.002-7.45	0.412	38	0.407	573	X-RAY DIFFRACTION	20
7.45-9.821	0.428	25	0.53	330	X-RAY DIFFRACTION	20
9.821-14.403	0.748	4	0.538	170	X-RAY DIFFRACTION	20
14.403-27	0.783	1	0.801	65	X-RAY DIFFRACTION	20

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.46 Å / 最低解像度: 27 Å / R_factor R_free: 0.191 / R_factor R_work: 0.149

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	p_bond_d	0.019
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_d	0.039

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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