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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1llp | |||||||||
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タイトル | LIGNIN PEROXIDASE (ISOZYME H2) PI 4.15 | |||||||||
![]() | LIGNIN PEROXIDASE | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / HEME PROTEIN / GLYCO PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() lignin peroxidase / diarylpropane peroxidase activity / lignin catabolic process / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / cellular response to oxidative stress / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Choinowski, T.H. / Piontek, K. / Glumoff, T. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: The crystal structure of lignin peroxidase at 1.70 A resolution reveals a hydroxy group on the cbeta of tryptophan 171: a novel radical site formed during the redox cycle. 著者: Choinowski, T. / Blodig, W. / Winterhalter, K.H. / Piontek, K. #1: ![]() タイトル: Do Carbohydrates Play a Role in the Lignin Peroxidase Cycle? Redox Catalysis in the Endergonic Region of the Driving Force 著者: Schoemaker, H.E. / Lundell, T.K. / Floris, R. / Glumoff, T. / Winterhalter, K.H. / Piontek, K. #2: ![]() タイトル: The Oxidation of Veratryl Alcohol, Dimeric Lignin Models and Lignin by Lignin Peroxidase: The Redox Cycle Revisited 著者: Schoemaker, H.E. / Lundell, T.K. / Hatakka, A.I. / Piontek, K. #3: ![]() タイトル: Low Ph Crystal Structure of Glycosylated Lignin Peroxidase from Phanerochaete Chrysosporium at 2.5 Angstrom Resolution 著者: Piontek, K. / Glumoff, T. / Winterhalter, K. | |||||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET SHEET SHEET_ID: A; DETERMINATION METHOD: DSSP; SHORT ANTIPARALLEL BETA-SHEET. SHEET_ID: B; ...SHEET SHEET SHEET_ID: A; DETERMINATION METHOD: DSSP; SHORT ANTIPARALLEL BETA-SHEET. SHEET_ID: B; SHORT ANTIPARALLEL BETA-SHEET. SHEET_ID: C; SHORT ANTIPARALLEL BETA-SHEET. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 86.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 66.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 36411.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P49012, 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ |
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-糖 , 3種, 3分子 ![](data/chem/img/MAN.gif)
![](data/chem/img/A2G.gif)
![](data/chem/img/A2G.gif)
#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#3: 糖 | ChemComp-MAN / |
#4: 糖 | ChemComp-A2G / |
-非ポリマー , 4種, 374分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/OH.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/OH.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-OH / | #7: 化合物 | ChemComp-HEM / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.83 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年11月17日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→10 Å / Num. obs: 52732 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.083 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 243426 / Rmerge(I) obs: 0.083 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.7→10 Å / σ(F): 2 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 16.62 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.15 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 52504 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 13.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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