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- PDB-1llm: Crystal Structure of a Zif23-GCN4 Chimera Bound to DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1llm
タイトルCrystal Structure of a Zif23-GCN4 Chimera Bound to DNA
要素
  • 5'-D(*TP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*G)-3'
  • chimera of Zif23-GCN4
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / Dimerization / DNA recognition / leucine zipper / structure-based design / zinc fingers / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of protein sumoylation / glomerular mesangial cell proliferation / positive regulation of glomerular metanephric mesangial cell proliferation / cellular response to interleukin-8 / regulation of progesterone biosynthetic process / cellular response to heparin / cellular response to mycophenolic acid / circadian temperature homeostasis / positive regulation of post-translational protein modification / positive regulation of hormone biosynthetic process ...regulation of protein sumoylation / glomerular mesangial cell proliferation / positive regulation of glomerular metanephric mesangial cell proliferation / cellular response to interleukin-8 / regulation of progesterone biosynthetic process / cellular response to heparin / cellular response to mycophenolic acid / circadian temperature homeostasis / positive regulation of post-translational protein modification / positive regulation of hormone biosynthetic process / double-stranded methylated DNA binding / hemi-methylated DNA-binding / FCERI mediated MAPK activation / protein localization to nuclear periphery / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / mediator complex binding / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation / Oxidative Stress Induced Senescence / interleukin-1-mediated signaling pathway / histone acetyltransferase binding / locomotor rhythm / skeletal muscle cell differentiation / TFIID-class transcription factor complex binding / amino acid biosynthetic process / T cell differentiation / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / BMP signaling pathway / cellular response to nutrient levels / response to glucose / estrous cycle / positive regulation of chemokine production / regulation of neuron apoptotic process / cellular response to amino acid starvation / positive regulation of interleukin-1 beta production / response to ischemia / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / response to insulin / promoter-specific chromatin binding / circadian regulation of gene expression / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cellular response to gamma radiation / positive regulation of miRNA transcription / RNA polymerase II transcription regulator complex / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / regulation of apoptotic process / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / response to hypoxia / transcription cis-regulatory region binding / intracellular signal transduction / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Early growth response protein 1, C-terminal / Early growth response, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3432) / Early growth response N-terminal domain / : / Basic region leucine zipper / Classic Zinc Finger / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper ...Early growth response protein 1, C-terminal / Early growth response, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3432) / Early growth response N-terminal domain / : / Basic region leucine zipper / Classic Zinc Finger / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily / Zinc finger, C2H2 type / Double Stranded RNA Binding Domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / General control transcription factor GCN4 / Early growth response protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Wolfe, S.A. / Grant, R.A. / Pabo, C.O.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: Structure of a designed dimeric zinc finger protein bound to DNA.
著者: Wolfe, S.A. / Grant, R.A. / Pabo, C.O.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 2000
タイトル: Combining Structure-based Design with Phage Display to Create New Cys(2)His(2) Zinc Finger Dimers
著者: Wolfe, S.A. / Ramm, E.I. / Pabo, C.O.
履歴
登録2002年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年8月16日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.42022年12月21日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 999sequence Residues C 151-159 and D 251-259 are linkers between the ZIF23 and GCN4.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*TP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*G)-3'
B: 5'-D(*TP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*G)-3'
C: chimera of Zif23-GCN4
D: chimera of Zif23-GCN4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3058
ポリマ－29,0444
非ポリマー2624
水5,621312
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)87.398, 87.398, 118.693
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*TP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*G)-3'


分子量: 3968.573 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 chimera of Zif23-GCN4


分子量: 10553.275 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The Zif23 section of the chimera is residues 2-50 and is derived from Zif268. The GCN4 section is residues 60-88.
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
属: Mus, Saccharomyces / 生物種: , / 株: , / プラスミド: Pet21D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 PLysS / 参照: UniProt: P08046, UniProt: P03069
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.36 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: bis-tris propane, magnesium chloride, ammonium acetate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1bis-tris propane11
2MgCl211
3ammonium acetate11
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
11.9 mMprotein1drop
280 mMBis-Tris propane1droppH8.0
30.056 mMDNA1drop
410 mMBis-Tris propane1droppH8.0
51 mM1dropMgCl2
6600 mM1reservoirNH4OAc

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11331
21331
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU RU20011.54
シンクロトロンNSLS X4A20.9999
検出器
タイプID検出器日付
RIGAKU RAXIS IV1IMAGE PLATE2000年6月8日
ADSC QUANTUM 42CCD2001年3月24日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1yale mirrorsSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.541
20.99991
反射解像度: 1.5→20 Å / Num. all: 83074 / Num. obs: 77251 / % possible obs: 89.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.3 % / Biso Wilson estimate: 17.8 Å2 / Rsym value: 0.095
反射 シェル解像度: 1.5→1.59 Å / % possible all: 97.9
反射
*PLUS
Num. obs: 83074 / % possible obs: 98.9 % / Num. measured all: 1187929 / Rmerge(I) obs: 0.095
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.9 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.5→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: xplor topology files
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 7807 10.1 %RANDOM
Rwork0.216 ---
all0.226 83074 --
obs-77251 91.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 25.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.19 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.18 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1481 526 4 312 2323
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d21
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.62
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.031.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it1.72
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it1.92
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it32.5
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 1130 10.2 %
Rwork0.294 9937 -
obs--79.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3PARAM19.SOLTOPH19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.64
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg21
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.62

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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