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- PDB-4dzo: Structure of Human Mad1 C-terminal Domain Reveals Its Involvement... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4dzo | ||||||
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Title | Structure of Human Mad1 C-terminal Domain Reveals Its Involvement in Kinetochore Targeting | ||||||
![]() | Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD1 | ||||||
![]() | CELL CYCLE / homodimer / kinetochore / mitosis / spindle checkpoint protein / Mad2 / nucleus | ||||||
Function / homology | ![]() MAD1 complex / deactivation of mitotic spindle assembly checkpoint / mitotic spindle assembly checkpoint MAD1-MAD2 complex / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / regulation of metaphase plate congression / cytoplasmic sequestering of protein / kinetochore binding / nuclear pore nuclear basket / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / mitotic spindle assembly checkpoint signaling ...MAD1 complex / deactivation of mitotic spindle assembly checkpoint / mitotic spindle assembly checkpoint MAD1-MAD2 complex / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / regulation of metaphase plate congression / cytoplasmic sequestering of protein / kinetochore binding / nuclear pore nuclear basket / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / negative regulation of T cell proliferation / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / thymus development / RHO GTPases Activate Formins / mitotic spindle / kinetochore / spindle pole / spindle / Separation of Sister Chromatids / nuclear envelope / cell division / centrosome / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Luo, X. / Sun, H. / Tomchick, D.R. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure of human Mad1 C-terminal domain reveals its involvement in kinetochore targeting. Authors: Kim, S. / Sun, H. / Tomchick, D.R. / Yu, H. / Luo, X. #1: ![]() Title: Protein metamorphosis: the two-state behavior of Mad2. Authors: Luo, X. / Yu, H. #2: ![]() Title: The Mad2 spindle checkpoint protein has two distinct natively folded states. Authors: Luo, X. / Tang, Z. / Xia, G. / Wassmann, K. / Matsumoto, T. / Rizo, J. / Yu, H. #3: ![]() Title: The Mad2 spindle checkpoint protein undergoes similar major conformational changes upon binding to either Mad1 or Cdc20. Authors: Luo, X. / Tang, Z. / Rizo, J. / Yu, H. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 129.3 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 423.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 13.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 19.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 14065.779 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: C-terminal domain, UNP residues 597-718 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.17 Å3/Da / Density % sol: 43.32 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: hanging-drop vapor diffusion / pH: 6.2 Details: 20 mM Tris, 100 mM KCl, 1 mM TCEP, 26% (w/v) PEG1500, 0.1 M Na Cacodylate, pH 6.2, 1mM reduced L-Glutathione;, hanging-drop vapor diffusion, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Feb 16, 2008 / Details: monochromator | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / Protocol: SAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97937 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.76→33.96 Å / Num. all: 23608 / Num. obs: 23608 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 14.8 % / Biso Wilson estimate: 19.83 Å2 / Limit h max: 21 / Limit h min: 0 / Limit k max: 22 / Limit k min: 0 / Limit l max: 119 / Limit l min: 0 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Χ2: 1.751 / Net I/σ(I): 10.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection scale | Group code: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 32.01 Å2 / ksol: 0.306 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 90.06 Å2 / Biso mean: 29.0947 Å2 / Biso min: 8.53 Å2
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Refine analyze | Luzzati sigma a obs: 0.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.76→33.955 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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