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万見
- PDB-1lky: Structure of the wild-type TEL-SAM polymer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lky
タイトルStructure of the wild-type TEL-SAM polymer
要素(TRANSCRIPTION FACTOR ETV6) x 2
キーワードTRANSCRIPTION / leukemia / tyrosine kinase / transcriptional repression / drug design
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by membrane-tethered fusions of PDGFRA or PDGFRB / mesenchymal cell apoptotic process / vitellogenesis / hematopoietic stem cell proliferation / Signaling by FLT3 fusion proteins / neurogenesis / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific ...Signaling by membrane-tethered fusions of PDGFRA or PDGFRB / mesenchymal cell apoptotic process / vitellogenesis / hematopoietic stem cell proliferation / Signaling by FLT3 fusion proteins / neurogenesis / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein domain specific binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Transcription Factor, Ets-1 / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. ...SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Transcription Factor, Ets-1 / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription factor ETV6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Tran, H.H. / Kim, C.A. / Faham, S. / Bowie, J.U.
引用ジャーナル: BMC STRUCT.BIOL. / 年: 2002
タイトル: Native interface of the SAM domain polymer of TEL.
著者: Tran, H.H. / Kim, C.A.
履歴
登録2002年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSCRIPTION FACTOR ETV6
B: TRANSCRIPTION FACTOR ETV6
C: TRANSCRIPTION FACTOR ETV6
D: TRANSCRIPTION FACTOR ETV6
E: TRANSCRIPTION FACTOR ETV6
F: TRANSCRIPTION FACTOR ETV6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,69817
ポリマ－55,6416
非ポリマー1,05711
水2,378132
1
A: TRANSCRIPTION FACTOR ETV6
B: TRANSCRIPTION FACTOR ETV6
ヘテロ分子

C: TRANSCRIPTION FACTOR ETV6
D: TRANSCRIPTION FACTOR ETV6
ヘテロ分子

E: TRANSCRIPTION FACTOR ETV6
F: TRANSCRIPTION FACTOR ETV6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,69817
ポリマ－55,6416
非ポリマー1,05711
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
crystal symmetry operation1_444x-1,y-1,z-11
Buried area8440 Å2
ΔGint-162 kcal/mol
Surface area23620 Å2
手法PISA
2
E: TRANSCRIPTION FACTOR ETV6
F: TRANSCRIPTION FACTOR ETV6
ヘテロ分子

A: TRANSCRIPTION FACTOR ETV6
B: TRANSCRIPTION FACTOR ETV6
C: TRANSCRIPTION FACTOR ETV6
D: TRANSCRIPTION FACTOR ETV6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,69817
ポリマ－55,6416
非ポリマー1,05711
水1086
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation1_454x-1,y,z-11
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9210 Å2
ΔGint-174 kcal/mol
Surface area22850 Å2
手法PISA
3
E: TRANSCRIPTION FACTOR ETV6
F: TRANSCRIPTION FACTOR ETV6
ヘテロ分子

A: TRANSCRIPTION FACTOR ETV6
B: TRANSCRIPTION FACTOR ETV6
C: TRANSCRIPTION FACTOR ETV6
D: TRANSCRIPTION FACTOR ETV6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,69817
ポリマ－55,6416
非ポリマー1,05711
水1086
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation1_444x-1,y-1,z-11
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8270 Å2
ΔGint-167 kcal/mol
Surface area23790 Å2
手法PISA
4
E: TRANSCRIPTION FACTOR ETV6
F: TRANSCRIPTION FACTOR ETV6
ヘテロ分子

C: TRANSCRIPTION FACTOR ETV6
D: TRANSCRIPTION FACTOR ETV6
ヘテロ分子

A: TRANSCRIPTION FACTOR ETV6
B: TRANSCRIPTION FACTOR ETV6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,69817
ポリマ－55,6416
非ポリマー1,05711
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
crystal symmetry operation1_656x+1,y,z+11
Buried area7660 Å2
ΔGint-145 kcal/mol
Surface area24400 Å2
手法PISA
5
A: TRANSCRIPTION FACTOR ETV6
B: TRANSCRIPTION FACTOR ETV6
ヘテロ分子

C: TRANSCRIPTION FACTOR ETV6
D: TRANSCRIPTION FACTOR ETV6
ヘテロ分子

E: TRANSCRIPTION FACTOR ETV6
F: TRANSCRIPTION FACTOR ETV6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,69817
ポリマ－55,6416
非ポリマー1,05711
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
crystal symmetry operation1_454x-1,y,z-11
Buried area8110 Å2
ΔGint-154 kcal/mol
Surface area23950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.752, 60.291, 62.318
Angle α, β, γ (deg.)116.21, 98.89, 98.65
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 TRANSCRIPTION FACTOR ETV6 / TEL SAM


分子量: 9280.590 Da / 分子数: 3 / 断片: Pointed domain / 変異: V80R / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: mutant V80R / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P41212
#2: タンパク質 TRANSCRIPTION FACTOR ETV6 / TEL SAM


分子量: 9266.538 Da / 分子数: 3 / 断片: Pointed domain / 変異: A61D / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: mutant A61D / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P41212
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.8 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 5% PEG 4000 2.0 M ammonium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
17.5 mg/mlprotein1drop
210 mMBis-Tris propane1droppH8.5
3200 mM1dropNaCl
45 %PEG40001reservoir
52.0 Mammonium sulfate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年4月14日
放射モノクロメーター: Yale Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 53910 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 33.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / % possible all: 95.6
反射
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 500 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.6 % / Rmerge(I) obs: 0.335 / Mean I/σ(I) obs: 2.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 1JI7

1ji7


解像度: 2.3→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.283 2582 9.9 %RANDOM
Rwork0.232 ---
obs0.232 26185 89.3 %-
all-26185 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 62.7932 Å2 / ksol: 0.363415 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 53.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-21.61 Å2-6.88 Å2-8.49 Å2
2---11.11 Å2-2.19 Å2
3----10.5 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.39 Å / Luzzati sigma a free: 0.44 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3909 0 55 132 4096
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.373 381 10.1 %
Rwork0.347 3396 -
obs--77.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2CIS_PEPTIDE_HEX.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3WATER.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAM
精密化
*PLUS
最低解像度: 500 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.23 / Rfactor Rfree: 0.272 / Rfactor Rwork: 0.23
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0061
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.14
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg19.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.7
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.347

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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