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- PDB-1lkx: MOTOR DOMAIN OF MYOE, A CLASS-I MYOSIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lkx
タイトルMOTOR DOMAIN OF MYOE, A CLASS-I MYOSIN
要素MYOSIN IE HEAVY CHAIN
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / MYOSIN MOTOR DOMAIN / LEVER ARM / CONVERTER DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


macropinocytic cup membrane / pseudopodium membrane / actin wave / macropinocytic cup cytoskeleton / chemotaxis to cAMP / macropinocytic cup / actin filament-based movement / leading edge membrane / early phagosome / myosin complex ...macropinocytic cup membrane / pseudopodium membrane / actin wave / macropinocytic cup cytoskeleton / chemotaxis to cAMP / macropinocytic cup / actin filament-based movement / leading edge membrane / early phagosome / myosin complex / microfilament motor activity / phagocytosis, engulfment / cell leading edge / pseudopodium / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / phagocytic cup / phagocytosis / actin filament polymerization / actin filament organization / endocytosis / actin filament binding / actin cytoskeleton / actin binding / calmodulin binding / ATP binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #820 / Class I myosin tail homology domain / Class I myosin, motor domain / Unconventional myosin tail, actin- and lipid-binding / Class I myosin tail homology (TH1) domain profile. / Myosin VI head, motor domain, U50 subdomain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #530 / Kinesin motor domain / Kinesin / IQ calmodulin-binding motif ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #820 / Class I myosin tail homology domain / Class I myosin, motor domain / Unconventional myosin tail, actin- and lipid-binding / Class I myosin tail homology (TH1) domain profile. / Myosin VI head, motor domain, U50 subdomain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #530 / Kinesin motor domain / Kinesin / IQ calmodulin-binding motif / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / Kinesin motor domain superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Arc Repressor Mutant, subunit A / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / VANADATE ION / Myosin IE heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Kollmar, M. / Durrwang, U. / Kliche, W. / Manstein, D.J. / Kull, F.J.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of the motor domain of a class-I myosin.
著者: Kollmar, M. / Durrwang, U. / Kliche, W. / Manstein, D.J. / Kull, F.J.
履歴
登録2002年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE AUTHOR STATES THE PUBLISHED SEQUENCE FOR DISTY MYOE IS INCORRECT IN A NUMBER OF PLACES. ...SEQUENCE AUTHOR STATES THE PUBLISHED SEQUENCE FOR DISTY MYOE IS INCORRECT IN A NUMBER OF PLACES. THE AUTHORS BELIEVE THEIR SEQUENCE TO BE MORE ACCURATE. THEY HAVE IDENTIFIED THE FOLLOWING CHANGES IN THEIR SEQUENCE/STRUCTURE FROM THE PUBLISHED ONE. THE DERIVED SEQUENCE OF MYOE WAS DIFFERENT FROM THE PUBLISHED SEQUENCE (URRUTIA ET AL., 1993, ACC. NR. L06805) IN 25 PLACES: WHILE SOME CHANGES CONCERNED NON-CONSERVED RESIDUES, ESPECIALLY IN THE REGIONS WHERE ADDITIONAL RESIDUES OR DELETIONS WERE FOUND, THE DERIVED SEQUENCE WAS IN BETTER AGREEMENT WITH THE AMINO ACID ALIGNMENT OF THE DICTYOSTELIUM MYOSINS. IN ONE REGION, A TEN RESIDUE SURFACE LOOP WAS FOUND TO BE COMPLETELY DIFFERENT. IN DETAIL, THE SEQUENCE CONTAINED THE FOLLOWING MODIFICATIONS COMPARED TO THE PUBLISHED ONE: D26E, R48T, I77M, I137L, R138D, F139 ABSENT, 140 ABSENT, N215D, L371I, S372I, I373N, V374C, H375T, R376T, G378K, T379G, P380 inserted, V427 inserted, R428 INSERTED, K429E, N440 INSERTED, N498I, D604V, I681N, R683T. THE AUTHORS STATE THEIR SEQUENCE COMPLETELY AGREES WITH THE FRAGMENT (AA270-1003) OBTAINED FROM THE DICTY GENOME SEQUENCING PROJECT.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MYOSIN IE HEAVY CHAIN
B: MYOSIN IE HEAVY CHAIN
C: MYOSIN IE HEAVY CHAIN
D: MYOSIN IE HEAVY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)318,92716
ポリマ－316,6614
非ポリマー2,26612
水1,15364
1
A: MYOSIN IE HEAVY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,7324
ポリマ－79,1651
非ポリマー5663
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: MYOSIN IE HEAVY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,7324
ポリマ－79,1651
非ポリマー5663
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: MYOSIN IE HEAVY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,7324
ポリマ－79,1651
非ポリマー5663
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: MYOSIN IE HEAVY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,7324
ポリマ－79,1651
非ポリマー5663
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.818, 143.667, 236.050
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 94.86, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
MYOSIN IE HEAVY CHAIN


分子量: 79165.273 Da / 分子数: 4 / 断片: Motor Domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
プラスミド: pDXA-3H
発現宿主: Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
参照: UniProt: Q03479
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-VO4 / VANADATE ION


分子量: 114.939 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: VO4
#4: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.5 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 11% PEG 8K, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
結晶化
*PLUS
温度: 16 or 17 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
111 %(w/v)PEG80001reservoir
2170 mM1reservoirNaCl
350 mMHEPES-NaOH1reservoirpH7.2
45 mM1reservoirMgCl2
55 mMdithiothreitol1reservoir
60.5 mMEGTA1reservoir
72 %MPD1reservoir
80.2 mMADP1drop
90.18 mMvanadate1drop

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1801
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンEMBL/DESY, HAMBURG BW7B10.8424
シンクロトロンESRF ID1320.96
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.84241
20.961
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 54968 / Observed criterion σ(I): -3
反射
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 50 Å / % possible obs: 79.7 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.195
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 3.2 Å / % possible obs: 57.4 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 2.87

-
解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
MAR345データ収集
XDSデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.273 5000 RANDOM
Rwork0.228 --
obs-54968 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21069 0 132 64 21265
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.376
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.22
精密化
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. reflection obs: 54955 / Num. reflection Rfree: 5579 / % reflection Rfree: 9 % / Rfactor Rfree: 0.273 / Rfactor Rwork: 0.228
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.22
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.863

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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