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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lks | ||||||
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タイトル | HEN EGG WHITE LYSOZYME NITRATE | ||||||
要素 | LYSOZYME | ||||||
キーワード | HYDROLASE / GLYCOSIDASE / LYSOZYME | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.1 Å | ||||||
データ登録者 | Steinrauf, L.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998 タイトル: Structures of monoclinic lysozyme iodide at 1.6 A and of triclinic lysozyme nitrate at 1.1 A. 著者: Steinrauf, L.K. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996 タイトル: Studies of Monoclinic Hen Egg-White Lysozyme. Iv. X-Ray Refinement at 1.8 A Resolution and a Comparison of the Variable Regions in the Polymorphic Forms 著者: Rao, S.T. / Sundaralingam, M. #2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.C / 年: 1983 タイトル: Studies of Monoclinic Hen Egg White Lysozyme. II. The Refinement at 2.5 A Resolution--Conformational Variability between the Two Independent Molecules 著者: Rao, S.T. / Hogle, J. / Sundaralingam, M. #3: ジャーナル: Acta Crystallogr. / 年: 1959 タイトル: Preliminary X-Ray Data for Some New Crystalline Forms of Beta-Lactoglobulin and Hen Egg-White Lysozyme 著者: Steinrauf, L.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1lks.cif.gz | 70.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1lks.ent.gz | 55.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1lks.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1lks_validation.pdf.gz | 408.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1lks_full_validation.pdf.gz | 413 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1lks_validation.xml.gz | 6.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1lks_validation.cif.gz | 8.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lk/1lks ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lk/1lks | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-NO3 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 26 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 詳細: THE CRYSTALS WERE GROWN IN THE PRESENCE OF BROMO PHENYL BLUE (BPB), AND THE CRYSTALS WERE DARK BLUE, ALMOST BLACK. HOWEVER, NO RELIABLE TRACE OF THE BPB WAS FOUND. | ||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 4.7 / 手法: batch method | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年9月15日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.1→20 Å / Num. obs: 36397 / % possible obs: 78.8 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.095 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 216397 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.1→20 Å / 交差検証法: FREE R / σ(F): 1 詳細: WATER MOLECULES 272, 333, AND 319, HAVE NO REASONABLE PROTEIN CONTACTS AND MAY BE PART OF THE UNRESOLVED BROMO PHENOL BLUE DISORDER.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.1→20 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-93 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor all: 0.1101 / Rfactor obs: 0.0989 / Rfactor Rfree: 0.1416 | |||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |