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- PDB-1lij: STRUCTURE OF T. GONDII ADENOSINE KINASE BOUND TO PRODRUG 2 7-IODO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lij
タイトルSTRUCTURE OF T. GONDII ADENOSINE KINASE BOUND TO PRODRUG 2 7-IODOTUBERCIDIN AND AMP-PCP
要素adenosine kinase
キーワードTRANSFERASE / ALPHA-BETA STRUCTURE
機能・相同性
機能・相同性情報


adenosine kinase / adenosine kinase activity / AMP salvage / purine ribonucleoside salvage / purine nucleobase metabolic process / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Adenosine kinase / Adenosine kinase, small domain - #10 / Adenosine kinase, small domain / pfkB family of carbohydrate kinases signature 2. / Carbohydrate/purine kinase, PfkB, conserved site / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase ...Adenosine kinase / Adenosine kinase, small domain - #10 / Adenosine kinase, small domain / pfkB family of carbohydrate kinases signature 2. / Carbohydrate/purine kinase, PfkB, conserved site / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / Chem-RPP / Adenosine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Schumacher, M.A. / Scott, D.M. / Mathews, I.I. / Ealick, S.E. / Roos, D.S. / Ullman, B. / Brennan, R.G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Crystal structures of Toxoplasma gondii adenosine kinase reveal a novel catalytic mechanism and prodrug binding.
著者: Schumacher, M.A. / Scott, D.M. / Mathews, I.I. / Ealick, S.E. / Roos, D.S. / Ullman, B. / Brennan, R.G.
履歴
登録2002年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2002年5月15日ID: 1DH1
改定 1.02002年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: adenosine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3345
ポリマ－38,3741
非ポリマー9604
水2,612145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)167.700, 46.970, 44.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 adenosine kinase / AK / Adenosine 5'-phosphotransferase


分子量: 38373.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
プラスミド: PBACE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9TVW2, adenosine kinase

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非ポリマー , 5種, 149分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-RPP / 2-RIBOFURANOSYL-3-IODO-2,3-DIHYDRO-1H-PYRAZOLO[3,4-D]PYRIMIDIN-4-YLAMINE


分子量: 395.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14IN5O4
#5: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.61 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50
結晶化
*PLUS
pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
110 mg/mlprotein1drop
25 mMadenosine1drop
31.1 M1reservoirLiSO4
410 mM1reservoirMgCl2
550 mMsodium cacodylate1reservoirpH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年3月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.081
21.54181
反射解像度: 1.7→10 Å / Num. obs: 35168 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 12.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 1.7→1.9 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.244 / % possible all: 98.6
反射
*PLUS
最高解像度: 1.84 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. obs: 32045 / % possible obs: 97 % / Num. measured all: 124975 / Rmerge(I) obs: 0.087
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
EPMR位相決定
TNT精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
精密化解像度: 1.86→10 Å / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 2956 10 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.185 32045 99 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2433 0 53 145 2631
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.947
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.84 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.181 / Rfactor Rfree: 0.239 / Rfactor Rwork: 0.181
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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