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万見
- PDB-1lia: CRYSTAL STRUCTURE OF R-PHYCOERYTHRIN FROM POLYSIPHONIA AT 2.8 A R... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lia
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF R-PHYCOERYTHRIN FROM POLYSIPHONIA AT 2.8 A RESOLUTION
要素(R-PHYCOERYTHRIN) x 2
キーワードLIGHT HARVESTING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


phycobilisome / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能
Phycocyanins / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHYCOCYANOBILIN / PHYCOUROBILIN / R-phycoerythrin alpha chain / R-phycoerythrin beta chain / R-phycoerythrin alpha chain / R-phycoerythrin beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Polysiphonia urceolata (真核生物)
手法X線回折 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Liang, D.C. / Jiang, T. / Chang, W.R.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: Crystal structure of R-phycoerythrin from Polysiphonia urceolata at 2.8 A resolution.
著者: Chang, W.R. / Jiang, T. / Wan, Z.L. / Zhang, J.P. / Yang, Z.X. / Liang, D.C.
#1: ジャーナル: Prog.Nat.Sci. / 年: 1995
タイトル: Crystal Structure of R-Phycoerythrin from Polysiphonia Urceolata at 0.5Nm Resolution
著者: Chang, W.R. / Wan, Z.L. / Jiang, T. / Zhang, J.P. / Song, H.W. / Wang, S.G. / Gui, L.L. / Liang, D.C. / Zhu, J.C. / Yang, Z.X.
履歴
登録1996年1月29日処理サイト: BNL
改定 1.01997年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code / _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: R-PHYCOERYTHRIN
B: R-PHYCOERYTHRIN
K: R-PHYCOERYTHRIN
L: R-PHYCOERYTHRIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,07614
ポリマ－73,1854
非ポリマー5,89110
水2,414134
1
A: R-PHYCOERYTHRIN
B: R-PHYCOERYTHRIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5387
ポリマ－36,5922
非ポリマー2,9455
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8400 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area15730 Å2
手法PISA
2
K: R-PHYCOERYTHRIN
L: R-PHYCOERYTHRIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5387
ポリマ－36,5922
非ポリマー2,9455
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8370 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area15700 Å2
手法PISA
3
A: R-PHYCOERYTHRIN
B: R-PHYCOERYTHRIN
K: R-PHYCOERYTHRIN
L: R-PHYCOERYTHRIN
ヘテロ分子

A: R-PHYCOERYTHRIN
B: R-PHYCOERYTHRIN
K: R-PHYCOERYTHRIN
L: R-PHYCOERYTHRIN
ヘテロ分子

A: R-PHYCOERYTHRIN
B: R-PHYCOERYTHRIN
K: R-PHYCOERYTHRIN
L: R-PHYCOERYTHRIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)237,22742
ポリマ－219,55412
非ポリマー17,67330
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area73310 Å2
ΔGint-590 kcal/mol
Surface area71300 Å2
手法PISA
4
A: R-PHYCOERYTHRIN
B: R-PHYCOERYTHRIN
ヘテロ分子

A: R-PHYCOERYTHRIN
B: R-PHYCOERYTHRIN
ヘテロ分子

A: R-PHYCOERYTHRIN
B: R-PHYCOERYTHRIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,61421
ポリマ－109,7776
非ポリマー8,83615
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area29550 Å2
ΔGint-301 kcal/mol
Surface area42830 Å2
手法PISA
5
K: R-PHYCOERYTHRIN
L: R-PHYCOERYTHRIN
ヘテロ分子

K: R-PHYCOERYTHRIN
L: R-PHYCOERYTHRIN
ヘテロ分子

K: R-PHYCOERYTHRIN
L: R-PHYCOERYTHRIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,61421
ポリマ－109,7776
非ポリマー8,83615
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area29420 Å2
ΔGint-285 kcal/mol
Surface area42800 Å2
手法PISA
6


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20330 Å2
ΔGint-177 kcal/mol
Surface area27870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)189.800, 189.800, 60.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.63196, 0.775, -0.00107), (0.77494, 0.63194, 0.01112), (0.0093, 0.0062, -0.99994)0.13, -0.305, 46.21576
2given(-0.62986, 0.77667, 0.00775), (0.7767, 0.62985, 0.0047), (-0.00123, 0.00898, -0.99996)-0.23609, -0.10923, 46.34393

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要素

#1: タンパク質 R-PHYCOERYTHRIN


分子量: 17855.041 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polysiphonia urceolata (真核生物) / 参照: UniProt: Q01921, UniProt: P84861*PLUS
#2: タンパク質 R-PHYCOERYTHRIN


分子量: 18737.363 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polysiphonia urceolata (真核生物) / 参照: UniProt: Q01922, UniProt: P84862*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6
#4: 化合物 ChemComp-PUB / PHYCOUROBILIN


分子量: 590.710 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H42N4O6
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE DIHEDRAL ANGLE OF B 77 AND L 77 IS UNUSUAL BUT THE SAME AS OTHER PHYCOBILIPROTINS.
Has protein modificationY
配列の詳細BECAUSE THE SEQUENCE OF R-PHYCOERYTHRIN FROM POLYSIPHONIA URCEOLATA IS UNKNOWN, THE AUTHORS USED ...BECAUSE THE SEQUENCE OF R-PHYCOERYTHRIN FROM POLYSIPHONIA URCEOLATA IS UNKNOWN, THE AUTHORS USED THE SEQUENCE OF R-PHYCOERYTHRIN FROM POLYSIPHONIA BOLDII FOR MODEL BUILDING. THE FOLLOWING SHOULD BE NOTED: RESIDUE NOTES LYS A 43 MAP IS WEAK THR A 136 LIKE ILE IN THE DENSITY MAP LYS B 15 MAP IS WEAK, LIKE ALA VAL B 173 LIKE ILE IN THE DENSITY MAP LYS K 43 MAP IS WEAK THR K 136 LIKE ILE IN THE DENSITY MAP LYS L 15 MAP IS WEAK, LIKE ALA VAL L 173 LIKE ILE IN THE DENSITY MAP

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
10.05 Msodium phosphate1drop
23 %(w/v)ammonium sulfate1dropor PEG6000
310 mg/mlprotein1drop
40.05 Msodium phosphate1reservoir
58 %ammonium sulfate1reservoir
63 %(w/v)1reservoirNaCl

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データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS-NICOLET X200B / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1993年3月15日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.73→25 Å / Num. obs: 21280 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.042

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解析

ソフトウェア
名称分類
XENGENデータ収集
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
XENGENデータ削減
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.8→10 Å / σ(F): 4
Rfactor反射数%反射
Rfree0.182 -10 %
Rwork0.18 --
obs0.18 17513 90 %
原子変位パラメータBiso mean: 12 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5112 0 430 134 5676
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.6
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d22.78
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d2.09
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM19X.PROTOPH19.PRO
X-RAY DIFFRACTION2RPECHROMO.PARRPECHROMO.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg22.78
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg2.09

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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