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- PDB-1lfu: NMR Solution Structure of the Extended PBX Homeodomain Bound to DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lfu
タイトルNMR Solution Structure of the Extended PBX Homeodomain Bound to DNA
要素
  • 5'-D(*GP*CP*GP*CP*AP*TP*GP*AP*TP*TP*GP*CP*CP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*GP*GP*CP*AP*AP*TP*CP*AP*TP*GP*CP*GP*C)-3'
  • homeobox protein PBX1
キーワードTRANSCRIPTION / protein-dna complex
機能・相同性
機能・相同性情報


urogenital system development / natural killer cell differentiation / proximal/distal pattern formation / embryonic skeletal system development / sex differentiation / eye development / steroid biosynthetic process / embryonic limb morphogenesis / embryonic hemopoiesis / anterior/posterior pattern specification ...urogenital system development / natural killer cell differentiation / proximal/distal pattern formation / embryonic skeletal system development / sex differentiation / eye development / steroid biosynthetic process / embryonic limb morphogenesis / embryonic hemopoiesis / anterior/posterior pattern specification / adrenal gland development / branching involved in ureteric bud morphogenesis / positive regulation of stem cell proliferation / negative regulation of neuron differentiation / regulation of ossification / neuron development / embryonic organ development / spleen development / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / transcription corepressor binding / thymus development / stem cell proliferation / animal organ morphogenesis / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / brain development / RNA polymerase II transcription regulator complex / G2/M transition of mitotic cell cycle / regulation of cell population proliferation / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / cell population proliferation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PBX, PBC domain / PBC domain / PBC domain profile. / : / Homeobox KN domain / Homeobox KN domain / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. ...PBX, PBC domain / PBC domain / PBC domain profile. / : / Homeobox KN domain / Homeobox KN domain / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Pre-B-cell leukemia transcription factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / dynamical annealing
データ登録者Sprules, T. / Green, N. / Featherstone, M. / Gehring, K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Lock and Key Binding of the HOX YPWM Peptide to the PBX Homeodomain
著者: Sprules, T. / Green, N. / Featherstone, M. / Gehring, K.
履歴
登録2002年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年2月1日Group: Structure summary
改定 1.42021年10月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*GP*CP*GP*CP*AP*TP*GP*AP*TP*TP*GP*CP*CP*C)-3'
B: 5'-D(*GP*GP*GP*CP*AP*AP*TP*CP*AP*TP*GP*CP*GP*C)-3'
P: homeobox protein PBX1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1403
ポリマ－18,1403
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100lowest energy with acceptable geometry
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*GP*CP*AP*TP*GP*AP*TP*TP*GP*CP*CP*C)-3'


分子量: 4256.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*GP*GP*CP*AP*AP*TP*CP*AP*TP*GP*CP*GP*C)-3'


分子量: 4305.804 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 homeobox protein PBX1 / PBX / PRE-B-CELL LEUKEMIA TRANSCRIPTION FACTOR-1


分子量: 9577.833 Da / 分子数: 1 / Fragment: homeodomain AND conserved C-terminus / Mutation: C42S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: PBX1 / プラスミド: pET 11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Gold / 参照: UniProt: P41778

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
121HNHA
3333D 13C-separated NOESY
4442D NOESY
555t1-1H coupled 15N HSQC
666t1-1H coupled 13C HSQC, 13C HMQC
171t1-1H coupled 15N HSQC
484t1-1H coupled 13C HSQC, 13C HMQC
39313C filtered 2D NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.5 mM U-15N PBX:DNA; 20 mM phophate buffer90% H2O/10% D2O
21 mM U-15N,13C PBX:DNA; 20 mM phosphate buffer90% H2O/10% D2O
31.9 mM U-15N,13C PBX:DNA; 20 mM phosphate buffer100% D2O
41.4 mM PBX:DNA; 20 mM phosphate buffer100% D2O
52.5 mM PBX:DNA; 5% q=3.0 DMPC:DHPC 20 mM phosphate buffer100% D2O
61 mM U-15N PBX:DNA; 5% q=3.0 DMPC:DHPC; 20 mM sodium phosphate90% H2O/10% D2O
試料状態
Conditions-IDpH圧 (kPa)温度 (K)
17ambient 303 K
27ambient 303 K
37ambient 303 K
47ambient 303 K
56.6ambient 310 K
66.6ambient 310 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Varian INOVAVarianINOVA7502
Varian INOVAVarianINOVA8003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.1proprietary softwarecollection
VNMR6.1Bproprietary softwarecollection
Gifa4.3Pons, J. L., Malliavin, T. E., and Delsuc, M. A.解析
XEASY1.3.13Bartels, C., Xia, T.-H., Billeter, M., Guntert, P., and Wuthrich K.データ解析
ARIA0.5Nigles, M., Macias, M. J., O'Donoghue, S. I., and Oschkinat, H.データ解析
CNS0.9, 1.1Brunger, A. T., et al.精密化
精密化手法: dynamical annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Structures based on a total of 2747 restraints: 2508 NOE-derived distance restraints, 84 hydrogen bonds, 68 dihedral angle and J-coupling restraints and 87 residual dipolar couplings.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: lowest energy with acceptable geometry
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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