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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lfq | ||||||
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タイトル | OXY HEMOGLOBIN (93% RELATIVE HUMIDITY) | ||||||
要素 |
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キーワード | OXYGEN STORAGE/TRANSPORT / HEMOGLOBIN / T State / HUMIDITY / ENVIRONMENT / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nitric oxide transport / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / renal absorption / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma ...nitric oxide transport / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / renal absorption / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / Late endosomal microautophagy / Heme signaling / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / oxygen binding / regulation of blood pressure / platelet aggregation / Chaperone Mediated Autophagy / peroxidase activity / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / ficolin-1-rich granule lumen / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Biswal, B.K. / Vijayan, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002 タイトル: Structures of human oxy- and deoxyhaemoglobin at different levels of humidity: variability in the T state. 著者: Biswal, B.K. / Vijayan, M. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1983 タイトル: Structure of human oxyhaemoglobin at 2.1 A resolution 著者: Shaanan, B. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1984 タイトル: The crystal structure of human deoxyhaemoglobin at 1.74 A resolution 著者: Fermi, G. / Perutz, M.F. / Shaanan, B. / Fourme, R. #3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1992 タイトル: A Third Quaternary Structure of Human Hemoglobin a at 1.7-Angstroms Resolution 著者: Silva, M.M. / Rogers, P.H. / Arnone, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1lfq.cif.gz | 64.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1lfq.ent.gz | 48.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1lfq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1lfq_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1lfq_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1lfq_validation.xml.gz | 14.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1lfq_validation.cif.gz | 19.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lf/1lfq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lf/1lfq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15150.353 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P69905 | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 15890.198 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68871 | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.87 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: liquid diffusion / pH: 6.7 / 詳細: phosphate buffer, pH 6.7, LIQUID DIFFUSION at 298K |
-データ収集
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 |
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検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→20 Å / Biso Wilson estimate: 36.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 5.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.37 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.6→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 77976.44 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.4878 Å2 / ksol: 0.319158 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.042 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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