[日本語] English
万見
- PDB-1lda: CRYSTAL STRUCTURE OF THE E. COLI GLYCEROL FACILITATOR (GLPF) WITH... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lda
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE E. COLI GLYCEROL FACILITATOR (GLPF) WITHOUT SUBSTRATE GLYCEROL
要素Glycerol uptake facilitator protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / GLYCEROL-CONDUCTING MEMBRANE CHANNEL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


glycerol transmembrane transporter activity / glycerol channel activity / glycerol transmembrane transport / cellular response to mercury ion / membrane => GO:0016020 / channel activity / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Glycerol uptake facilitator protein / Glycerol uptake facilitator protein. / Major intrinsic protein, conserved site / MIP family signature. / Major intrinsic protein / Major intrinsic protein / Aquaporin-like / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycerol uptake facilitator protein / Glycerol uptake facilitator protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Nollert, P. / Miercke, L.J.W. / O'Connell, J. / Stroud, R.M.
引用
ジャーナル: Science / 年: 2002
タイトル: Control of the selectivity of the aquaporin water channel family by global orientational tuning.
著者: Tajkhorshid, E. / Nollert, P. / Jensen, M.O. / Miercke, L.J. / O'Connell, J. / Stroud, R.M. / Schulten, K.
#1: ジャーナル: Science / 年: 2000
タイトル: Structure of a Glycerol-Conducting Channel and the Basis for Its Selectivity
著者: Fu, D. / Libson, A. / Miercke, L.J. / Weitzman, C. / Nollert, P. / Krucinski, J. / Stroud, R.M.
履歴
登録2002年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_symm_contact / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.occupancy / _chem_comp.mon_nstd_flag ..._atom_site.occupancy / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Glycerol uptake facilitator protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3853
ポリマ－29,8001
非ポリマー5852
水1,11762
1
A: Glycerol uptake facilitator protein
ヘテロ分子

A: Glycerol uptake facilitator protein
ヘテロ分子

A: Glycerol uptake facilitator protein
ヘテロ分子

A: Glycerol uptake facilitator protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,53812
ポリマ－119,1994
非ポリマー2,3398
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
手法PQS
2
A: Glycerol uptake facilitator protein
ヘテロ分子

A: Glycerol uptake facilitator protein
ヘテロ分子

A: Glycerol uptake facilitator protein
ヘテロ分子

A: Glycerol uptake facilitator protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,53812
ポリマ－119,1994
非ポリマー2,3398
水724
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation13_556-x+1/2,y+1/2,-z+3/21
crystal symmetry operation14_466x-1/2,-y+3/2,-z+3/21
crystal symmetry operation15_456y-1/2,x+1/2,-z+3/21
crystal symmetry operation16_566-y+1/2,-x+3/2,-z+3/21
Buried area13020 Å2
ΔGint-142 kcal/mol
Surface area36000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.23, 96.23, 184.37
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-505-

HOH

21A-523-

HOH

詳細The biological assembly is generated by the crystallographic four-fold axis: X,Y,Z; -X+1, -Y+1,Z; -Y+1, X, Z; Y, -X+1, Z

-
要素

#1: タンパク質 Glycerol uptake facilitator protein / Aquaglyceroporin


分子量: 29799.842 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli K12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 / 参照: UniProt: P11244, UniProt: P0AER0*PLUS
#2: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: GLPF AT 15-20 MG/ML, 28% (W/V) PEG 2000, 100 MM BICINE pH 9.5, 15 % (V/V) GLYCEROL, 35 MM, N-OCTYL-BETA-D-GLUCOSIDE, MGCL2, 5 MM DTT, pH 9.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
pH: 8.9 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
115-20 mg/mlprotein11
228 %(w/v)PEG200012
3100 mMbicine12
415 %(v/v)glycerol12
535 mMn-octyl-beta-D-glucoside12
6300 mM12MgCl2
75 mMdithiothreitol12

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM / 検出器: CCD / 日付: 2000年10月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. all: 8698 / Num. obs: 8698 / % possible obs: 78.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.918 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル最高解像度: 2.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.296 / % possible all: 72.41
反射
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 51474 / Rmerge(I) obs: 0.09
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.296

-
解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1FX8

1fx8


解像度: 2.8→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 929 -RANDOM
Rwork0.208 ---
all-8698 --
obs-8698 78.6 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1895 0 40 62 1997
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.11
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 30 Å / Rfactor obs: 0.208 / Rfactor Rfree: 0.249 / Rfactor Rwork: 0.208
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る