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- PDB-1lcc: STRUCTURE OF THE COMPLEX OF LAC REPRESSOR HEADPIECE AND AN 11 BAS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lcc
タイトルSTRUCTURE OF THE COMPLEX OF LAC REPRESSOR HEADPIECE AND AN 11 BASE-PAIR HALF-OPERATOR DETERMINED BY NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY AND RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*TP*TP*GP*TP*GP*AP*GP*CP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*GP*CP*TP*CP*AP*CP*AP*AP*TP*T)-3')
  • Lac Repressor
キーワードGENE REGULATION/DNA / DNA / HALF-OPERATOR / LAC OPERATOR / LAC REPRESSOR / HEADPIECE / GENE REGULATION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription repressor activity / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
LacI-type HTH domain signature. / Transcriptional regulator LacI/GalR-like, sensor domain / Periplasmic binding protein-like domain / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / lambda repressor-like DNA-binding domains / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily ...LacI-type HTH domain signature. / Transcriptional regulator LacI/GalR-like, sensor domain / Periplasmic binding protein-like domain / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / lambda repressor-like DNA-binding domains / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Periplasmic binding protein-like I / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Lactose operon repressor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR
データ登録者Chuprina, V.P. / Rullmann, J.A.C. / Lamerichs, R.M.J.N. / Van Boom, J.H. / Boelens, R. / Kaptein, R.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Structure of the complex of lac repressor headpiece and an 11 base-pair half-operator determined by nuclear magnetic resonance spectroscopy and restrained molecular dynamics.
著者: Chuprina, V.P. / Rullmann, J.A. / Lamerichs, R.M. / van Boom, J.H. / Boelens, R. / Kaptein, R.
#1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1990
タイトル: Assignment of the 1H-NMR Spectrum of a Lac Repressor Headpiece-Operator Complex in H2O and Identification of Noes. Consequences for Protein-DNA Interaction
著者: Lamerichs, R.M.J.N. / Boelens, R. / Van Der Marel, G.A. / Van Boom, J.H. / Kaptein, R.
#2: ジャーナル: Biochem.Pharm. / 年: 1990
タイトル: Two-Dimensional NMR Study of a Protein-DNA Complex. Lac Repressor Headpiece-Operator Interaction
著者: Kaptein, R. / Lamerichs, R.M.J.N. / Boelens, R. / Rullmann, J.A.C.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1989
タイトル: 1H NMR Study of a Complex between the Lac Repressor Headpiece and a 22 Base Pair Symmetric Lac Operator
著者: Lamerichs, R.M.J.N. / Boelens, R. / Van Der Marel, G.A. / Van Boom, J.H. / Kaptein, R. / Buck, F. / Fera, B. / Rueterjans, H.
#4: ジャーナル: Ucla Symp.Mol.Cell.Biol., New Ser. / 年: 1989
タイトル: NMR Based Docking Studies of Lac Repressor Headpiece on a Lac Operator Fragment
著者: Rullmann, J.A.C. / Boelens, R. / Kaptein, R.
#5: ジャーナル: Protein Seq.Data Anal. / 年: 1988
タイトル: The Interaction of Lac Repressor Headpiece with its Operator: An NMR View
著者: Boelens, R. / Lamerichs, R.M.J.N. / Rullmann, J.A.C. / Van Boom, J.H. / Kaptein, R.
#6: ジャーナル: Proteins / 年: 1988
タイトル: Combined Procedure of Distance Geometry and Restrained Molecular Dynamics Techniques for Protein Structure Determination from Nuclear Magnetic Resonance Data: Application to the DNA ...タイトル: Combined Procedure of Distance Geometry and Restrained Molecular Dynamics Techniques for Protein Structure Determination from Nuclear Magnetic Resonance Data: Application to the DNA Binding Domain of Lac Repressor from Escherichia Coli
著者: De Vlieg, J. / Scheek, R.M. / Van Gunsteren, W.F. / Berendsen, H.J.C. / Kaptein, R. / Thomason, J.
#7: ジャーナル: Nato Asi Ser.,Ser.A / 年: 1987
タイトル: A Two-Dimensional NMR Study of the Complex of Lac Repressor Headpiece with a 14 Base Pair Lac Operator Fragment
著者: Boelens, R. / Scheek, R.M. / Lamerichs, R.M.J.N. / De Vlieg, J. / Van Boom, J.H. / Kaptein, R.
#8: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1987
タイトル: Complex of Lac Repressor Headpiece with a 14 Base Pair Lac Operator Fragment Studied by Two-Dimensional Nuclear Magnetic Resonance
著者: Boelens, R. / Scheek, R.M. / Van Boom, J.H. / Kaptein, R.
#9: ジャーナル: Isr.J.Chem. / 年: 1986
タイトル: Restrained Molecular Dynamics Procedure for Protein Tertiary Structure Determination from NMR Data: A Lac Repressor Headpiece Structure Based on Information on J-Coupling and from ...タイトル: Restrained Molecular Dynamics Procedure for Protein Tertiary Structure Determination from NMR Data: A Lac Repressor Headpiece Structure Based on Information on J-Coupling and from Presence and Absence of Noes
著者: De Vlieg, J. / Boelens, R. / Scheek, R.M. / Kaptein, R. / Van Gunsteren, W.F.
履歴
登録1993年3月25日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (5'-D(*AP*AP*TP*TP*GP*TP*GP*AP*GP*CP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*TP*CP*AP*CP*AP*AP*TP*T)-3')
A: Lac Repressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4234
ポリマ－12,4003
非ポリマー231
水95553
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデル

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*TP*TP*GP*TP*GP*AP*GP*CP*G)-3')


分子量: 3413.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: CHEMICALLY SYNTHESIZED / キーワード: DEOXYRIBONUCLEIC ACID
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*CP*TP*CP*AP*CP*AP*AP*TP*T)-3')


分子量: 3293.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: CHEMICALLY SYNTHESIZED / キーワード: DEOXYRIBONUCLEIC ACID
#3: タンパク質 Lac Repressor


分子量: 5693.446 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: BMH 74-12 / キーワード: POLYPEPTIDE / 参照: UniProt: P03023
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験の詳細Text: THE AVERAGE PAIRWISE RMSD BETWEEN THE FOUR STRUCTURES (EXCLUDING WATER AND IONS) IS 0.9 ANGSTROMS ON BACKBONE ATOMS (EXCLUDING FIRST AND LAST THREE PROTEIN RESIDUES, AND THE FIRST AND LAST BASE ...Text: THE AVERAGE PAIRWISE RMSD BETWEEN THE FOUR STRUCTURES (EXCLUDING WATER AND IONS) IS 0.9 ANGSTROMS ON BACKBONE ATOMS (EXCLUDING FIRST AND LAST THREE PROTEIN RESIDUES, AND THE FIRST AND LAST BASE PAIR) AND 1.4 ANGSTROMS ON ALL ATOMS. THE DATA SETS INCLUDE THOSE WATERS AND IONS FOR WHICH THE DISTANCES TO THE NEAREST NEIGHBOR ATOM IN PROTEIN AS WELL AS IN DNA DO NOT EXCEED 4 ANGSTROMS.

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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解析

NMR software名称: GROMOS / 分類: 精密化
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1
NMR ensemble rmsAtom type: all atoms / Distance rms dev: 1.4 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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