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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lbm | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF PHOSPHORIBOSYL ANTHRANILATE ISOMERASE (PRAI) IN COMPLEX WITH REDUCED 1-(O-CARBOXYPHENYLAMINO)-1-DEOXYRIBULOSE 5-PHOSPHATE (RCDRP) | ||||||
要素 | PHOSPHORIBOSYL ANTHRANILATE ISOMERASE | ||||||
キーワード | ISOMERASE / BETA BARREL / ligand complex / product analogue complex / tryptophan biosynthesis | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphoribosylanthranilate isomerase / phosphoribosylanthranilate isomerase activity / tryptophan biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermotoga maritima (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Hennig, M. / Sterner, R. / Kirschner, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002 タイトル: Two (betaalpha)(8)-barrel enzymes of histidine and tryptophan biosynthesis have similar reaction mechanisms and common strategies for protecting their labile substrates 著者: Henn-Sax, M. / Thoma, R. / Schmidt, S. / Hennig, M. / Kirschner, K. / Sterner, R. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997 タイトル: Crystal structure at 2.0 A resolution of phosphoribosyl anthranilate isomerase from the hyperthermophile Thermotoga maritima: Possible determinants of protein stability | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1lbm.cif.gz | 54.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1lbm.ent.gz | 38.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1lbm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1lbm_validation.pdf.gz | 441.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1lbm_full_validation.pdf.gz | 445.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1lbm_validation.xml.gz | 6.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1lbm_validation.cif.gz | 9.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lb/1lbm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lb/1lbm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1nsjS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23070.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q56320, phosphoribosylanthranilate isomerase |
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#2: 化合物 | ChemComp-137 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.64 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 50 mM potassium phosphate , 2.1 M ammonium sulphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-20 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年7月25日 |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 6978 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.099 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / Num. measured all: 28569 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 1nsj 解像度: 2.8→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.17 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |