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- PDB-1laj: The Structure of Tomato Aspermy Virus by X-Ray Crystallography -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1laj
タイトルThe Structure of Tomato Aspermy Virus by X-Ray Crystallography
要素
  • 5'-R(*AP*AP*A)-3'
  • capsid protein
キーワードVirus/RNA / anti-parallel beta sheets / jelly roll / T=3 icosahedral virus / protein-RNA complex / disulphide bridge / Icosahedral virus / Virus-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


T=3 icosahedral viral capsid / viral nucleocapsid / ribonucleoprotein complex / structural molecule activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Cucumovirus coat protein, subunit A / Cucumovirus coat protein / Cucumovirus coat protein, subunit A superfamily / Cucumovirus coat protein / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / RNA / Capsid protein
類似検索 - 構成要素
生物種Tomato aspermy virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Lucas, R.W. / Larson, S.B. / Canady, M.A. / McPherson, A.
引用
ジャーナル: J.STRUCT.BIOL. / 年: 2002
タイトル: The Structure of Tomato Aspermy Virus by X-Ray Crystallography
著者: Lucas, R.W. / Larson, S.B. / Canady, M.A. / McPherson, A.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 1995
タイトル: Preliminary X-ray Diffraction Analysis of Crystals of Tomato aspermy virus (TAV)
著者: Canady, M.A. / Leja, C.A. / Day, J. / McPherson, A.
履歴
登録2002年3月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: 5'-R(*AP*AP*A)-3'
A: capsid protein
B: capsid protein
C: capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,4506
ポリマ－73,3314
非ポリマー1192
水00
1
R: 5'-R(*AP*AP*A)-3'
A: capsid protein
B: capsid protein
C: capsid protein
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,407,027360
ポリマ－4,399,870240
非ポリマー7,157120
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
R: 5'-R(*AP*AP*A)-3'
A: capsid protein
B: capsid protein
C: capsid protein
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 367 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)367,25230
ポリマ－366,65620
非ポリマー59610
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
R: 5'-R(*AP*AP*A)-3'
A: capsid protein
B: capsid protein
C: capsid protein
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 441 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)440,70336
ポリマ－439,98724
非ポリマー71612
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
R: 5'-R(*AP*AP*A)-3'
A: capsid protein
B: capsid protein
C: capsid protein
ヘテロ分子
x 15


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 1.1 MDa, 60 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,101,75790
ポリマ－1,099,96760
非ポリマー1,78930
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation14
単位格子
Length a, b, c (Å)294.296, 327.393, 382.066
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2generate(0.5, -0.80901699, 0.30901699), (0.80901699, 0.30901699, -0.5), (0.30901699, 0.5, 0.80901699)
3generate(-0.30901699, -0.5, 0.80901699), (0.5, -0.80901699, -0.30901699), (0.80901699, 0.30901699, 0.5)
4generate(-0.30901699, 0.5, 0.80901699), (-0.5, -0.80901699, 0.30901699), (0.80901699, -0.30901699, 0.5)
5generate(0.5, 0.80901699, 0.30901699), (-0.80901699, 0.30901699, 0.5), (0.30901699, -0.5, 0.80901699)
6generate(0.30901699, 0.5, 0.80901699), (0.5, -0.80901699, 0.30901699), (0.80901699, 0.30901699, -0.5)
7generate(0.80901699, 0.30901699, 0.5), (-0.30901699, -0.5, 0.80901699), (0.5, -0.80901699, -0.30901699)
8generate(0.80901699, -0.30901699, 0.5), (-0.30901699, 0.5, 0.80901699), (-0.5, -0.80901699, 0.30901699)
9generate(0.30901699, -0.5, 0.80901699), (0.5, 0.80901699, 0.30901699), (-0.80901699, 0.30901699, 0.5)
10generate(1), (1), (1)
11generate(-0.5, -0.80901699, 0.30901699), (0.80901699, -0.30901699, 0.5), (-0.30901699, 0.5, 0.80901699)
12generate(-0.80901699, 0.30901699, 0.5), (0.30901699, -0.5, 0.80901699), (0.5, 0.80901699, 0.30901699)
13generate(1), (1), (1)
14generate(0.80901699, 0.30901699, -0.5), (0.30901699, 0.5, 0.80901699), (0.5, -0.80901699, 0.30901699)
15generate(0.5, -0.80901699, -0.30901699), (0.80901699, 0.30901699, 0.5), (-0.30901699, -0.5, 0.80901699)

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*AP*AP*A)-3'


分子量: 942.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 capsid protein


分子量: 24129.502 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tomato aspermy virus (ウイルス) / 属: Cucumovirus / 株: Blencowe / 参照: UniProt: P23627
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 33

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.35 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 14-17% Ethanol, 100mM tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
114 mg/mlprotein1droppH8.5
214-17 %ethanol1drop
3100 mMTris1drop
4100 mMTris1reservoirpH8.5
520 %MPD1reservoir
610 %ethanol1reservoir
70.04 %sodium azide1reservoir

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12981
22981
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X12B11.15
シンクロトロンSSRL BL7-121.08
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1IMAGE PLATE1997年4月1日
MARRESEARCH2IMAGE PLATE1997年4月23日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.151
21.081
反射解像度: 3.4→49.72 Å / Num. all: 156531 / Num. obs: 156468 / % possible obs: 62.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.522 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 3.4→3.46 Å / Num. unique all: 269 / % possible all: 2.2
反射
*PLUS
% possible obs: 62 % / Num. measured all: 1444765 / Rmerge(I) obs: 0.23

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1F15

1f15


解像度: 3.4→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: NCS RESTRAINTS WERE USED FOR BETA STRANDS AND HELICES OF EQUIVALENT SUBUNITS. IONS WERE FIXED AS RNA PHOSPHATES. ICOSAHEDRAL NCS CONSTRAINTS WERE APPLIED THROUGHOUT REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 6391 5 %RANDOM
Rwork0.218 ---
all0.278 156468 --
obs-127436 50.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 105 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.62 Å0.55 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a1.69 Å1.61 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4239 63 6 0 4308
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.66
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d29.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.03
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it7.51.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it12.252
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it16.252
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it22.852.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTRAINTS / Rms dev position: 0.059 Å / Weight Biso : 4 / Weight position: 100
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.52 Å / Rfactor Rfree error: 0.088 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.488 30 4.942 %
Rwork0.402 607 -
obs--2.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3PO4_XPLOR_PAR.TXTPO4_XPLOR_TOP.TXT
X-RAY DIFFRACTION4MG_XPLOR_PAR.TXTMG_XPLOR_TOP.TXT
精密化
*PLUS
最低解像度: 50 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg29.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.03

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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