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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1la6 | ||||||
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タイトル | The crystal structure of Trematomus newnesi hemoglobin in a partial hemichrome state | ||||||
要素 |
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キーワード | OXYGEN STORAGE/TRANSPORT / Hemichrome / bishistidine complex / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 haptoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / blood microparticle ...haptoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Trematomus newnesi (魚類) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Riccio, A. / Vitagliano, L. / di Prisco, G. / Zagari, A. / Mazzarella, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002 タイトル: The crystal structure of a tetrameric hemoglobin in a partial hemichrome state 著者: Riccio, A. / Vitagliano, L. / di Prisco, G. / Zagari, A. / Mazzarella, L. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr. / 年: 2001 タイトル: Liganded and unliganded forms of Antarctic fish haemoglobins in polyethylene glycol: crystallization of an R-state haemichrome intermediate 著者: Riccio, A. / Vitagliano, L. / di Prisco, G. / Zagari, A. / Mazzarella, L. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999 タイトル: Crystal structure of Trematomus newnesi haemoglobin re-opens the root effect question 著者: Mazzarella, L. / D'Avino, R. / di PRISCO, G. / Savino, C. / VITAGLIANO, L. / MOODY, P.C.E. / ZAGARI, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1la6.cif.gz | 71.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1la6.ent.gz | 51.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1la6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1la6_validation.pdf.gz | 542.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1la6_full_validation.pdf.gz | 545.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1la6_validation.xml.gz | 7.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1la6_validation.cif.gz | 11.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/1la6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/1la6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1t1nS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a tetramer generated from the dimer in the asymmetric unit by the operation: -X, Y, -Z |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15703.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trematomus newnesi (魚類) / 参照: UniProt: P45718 | ||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 16246.427 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trematomus newnesi (魚類) / 参照: UniProt: P45720 | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CMO / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.68 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: free interface diffusion / pH: 7.6 詳細: MPEG 5000, Sodium Acetate, pH 7.6, Free interface diffusion, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6.2 / 詳細: Riccio, A., (2001) Acta Crystallogr., 57, 1144. | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年3月30日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→12 Å / Num. all: 27020 / Num. obs: 27020 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.077 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.15 Å / Rmerge(I) obs: 0.35 / % possible all: 87 |
反射 | *PLUS % possible obs: 92 % / Num. measured all: 64025 / Rmerge(I) obs: 0.077 |
反射 シェル | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.35 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1T1N 解像度: 2→12 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→12 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 10 % / Rfactor all: 0.191 / Rfactor obs: 0.181 / Rfactor Rfree: 0.212 / Rfactor Rwork: 0.179 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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