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- PDB-1la2: Structural analysis of Saccharomyces cerevisiae myo-inositol phos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1la2
タイトルStructural analysis of Saccharomyces cerevisiae myo-inositol phosphate synthase
要素Myo-inositol-1-phosphate synthase
キーワードISOMERASE / structural genomics / inositol / metabolism / yeast / ino1 / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis of IP2, IP, and Ins in the cytosol / inositol-3-phosphate synthase / inositol-3-phosphate synthase activity / inositol biosynthetic process / phospholipid biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Myo-inositol-1-phosphate synthase / Myo-inositol-1-phosphate synthase / Myo-inositol-1-phosphate synthase, GAPDH-like / Myo-inositol-1-phosphate synthase / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich ...Myo-inositol-1-phosphate synthase / Myo-inositol-1-phosphate synthase / Myo-inositol-1-phosphate synthase, GAPDH-like / Myo-inositol-1-phosphate synthase / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Inositol-3-phosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Kniewel, R. / Buglino, J.A. / Shen, V. / Chadna, T. / Beckwith, A. / Lima, C.D. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: J.STRUCT.FUNCT.GENOM. / 年: 2002
タイトル: Structural analysis of Saccharomyces cerevisiae myo-inositol phosphate synthase
著者: Kniewel, R. / Buglino, J.A. / Shen, V. / Chadna, T. / Beckwith, A. / Lima, C.D.
履歴
登録2002年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / struct_conn ...audit_author / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag ..._audit_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE THE AUTHORS USED SWISSPROT ENTRY P11986. SEVERAL RESIDUES WERE MIS-SEQUENCED IN REFERENCE ...SEQUENCE THE AUTHORS USED SWISSPROT ENTRY P11986. SEVERAL RESIDUES WERE MIS-SEQUENCED IN REFERENCE 1 OF THE SWS ENTRY, AND ARE CORRECTED IN REFERENCE 3 IN THE FEATURES SECTION.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myo-inositol-1-phosphate synthase
B: Myo-inositol-1-phosphate synthase
C: Myo-inositol-1-phosphate synthase
D: Myo-inositol-1-phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)243,3618
ポリマ－240,7074
非ポリマー2,6544
水12,466692
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area34010 Å2
ΔGint-202 kcal/mol
Surface area72590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)155.693, 187.346, 98.954
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
Myo-inositol-1-phosphate synthase / MI-1-P synthase / IPS


分子量: 60176.711 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: INO1 / プラスミド: pSMT3 (modified pET28b) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DL41(DE3) / 参照: UniProt: P11986, inositol-3-phosphate synthase
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 692 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.95 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 7% PEG 4000, 0.1M sodium acetate, 5% glycerol, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
16.4 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1droppH8.
350 mM1dropNaCl
41 mMdithiothreitol1drop
57 %PEG40001reservoir
60.1 Msodium acetate1reservoirpH4.6
75 %glycerol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年10月11日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→20 Å / Num. all: 183241 / Num. obs: 180676 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 26.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2.55→2.64 Å / Rmerge(I) obs: 0.448 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 91
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 1002153
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVEモデル構築
CNS0.9精密化
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.65→19.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 3455046.29 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 4213 5 %RANDOM
Rwork0.224 ---
all-84499 --
obs-83992 99.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 35.2485 Å2 / ksol: 0.336188 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 41.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.95 Å20 Å20 Å2
2--0.81 Å20 Å2
3---2.14 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.54 Å0.46 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→19.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16172 0 176 692 17040
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.003
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.76
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.421.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.482
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.042
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.062.5
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.82 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 694 5.1 %
Rwork0.307 13036 -
obs--98.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMCARBOHYDRATE.TOP
X-RAY DIFFRACTION5NAD.PARNAD.TOP
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rfactor obs: 0.224 / Rfactor Rfree: 0.28
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.76

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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