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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1l8t | ||||||
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タイトル | Crystal Structure Of 3',5"-Aminoglycoside Phosphotransferase Type IIIa ADP Kanamycin A Complex | ||||||
![]() | Aminoglycoside 3'-Phosphotransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() kanamycin kinase / kanamycin kinase activity / phosphorylation / response to antibiotic / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fong, D.H. / Berghuis, A.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Substrate promiscuity of an aminoglycoside antibiotic resistance enzyme via target mimicry. 著者: Fong, D.H. / Berghuis, A.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 72.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 52.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 516.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 523 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30880.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ADP / | #4: 化合物 | ChemComp-KAN / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.6 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: PEG 600, CHES, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / PH range low: 9.5 / PH range high: 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.4→40 Å / Num. obs: 12532 / % possible obs: 88.4 % / 冗長度: 7.3 % / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 8 | ||||||||||||||||||
反射 | *PLUS 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.101 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 61.1 % / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.399 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→40 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.037
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 40 Å / Rfactor obs: 0.234 / Rfactor Rfree: 0.291 / Rfactor Rwork: 0.234 | ||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / Rfactor Rfree: 0.449 / Rfactor Rwork: 0.36 / Rfactor obs: 0.36 |