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万見
- PDB-1l7v: Bacterial ABC Transporter Involved in B12 Uptake -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1l7v
タイトルBacterial ABC Transporter Involved in B12 Uptake
要素
  • VITAMIN B12 TRANSPORT SYSTEM PERMEASE PROTEIN BTUC
  • Vitamin B12 transport ATP-binding protein btuD
キーワードTRANSPORT PROTEIN/HYDROLASE / ABC transporter / integral membrane protein / ATP binding cassette / ATP hydrolysis / Vitamin B12 / TRANSPORT PROTEIN-HYDROLASE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


BtuCD complex / ABC-type vitamin B12 transporter / cobalamin transport complex / ABC-type vitamin B12 transporter activity / cobalamin transport / extrinsic component of membrane / transmembrane transporter activity / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / ATP hydrolysis activity ...BtuCD complex / ABC-type vitamin B12 transporter / cobalamin transport complex / ABC-type vitamin B12 transporter activity / cobalamin transport / extrinsic component of membrane / transmembrane transporter activity / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ABC transporter, vitamin B12 import, permease protein BtuC / ABC transporter, vitamin B12, BtuD / : / ABC transporter, permease protein, BtuC-like / FecCD transport family / ABC transporter involved in vitamin B12 uptake, BtuC / ABC transporter involved in vitamin B12 uptake, BtuC / ABC transporter, BtuC-like / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. ...ABC transporter, vitamin B12 import, permease protein BtuC / ABC transporter, vitamin B12, BtuD / : / ABC transporter, permease protein, BtuC-like / FecCD transport family / ABC transporter involved in vitamin B12 uptake, BtuC / ABC transporter involved in vitamin B12 uptake, BtuC / ABC transporter, BtuC-like / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYCLO-TETRAMETAVANADATE / Vitamin B12 import system permease protein BtuC / Vitamin B12 import ATP-binding protein BtuD
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Locher, K.P. / Lee, A.T. / Rees, D.C.
引用ジャーナル: Science / 年: 2002
タイトル: The E. coli BtuCD structure: a framework for ABC transporter architecture and mechanism.
著者: Locher, K.P. / Lee, A.T. / Rees, D.C.
履歴
登録2002年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VITAMIN B12 TRANSPORT SYSTEM PERMEASE PROTEIN BTUC
B: VITAMIN B12 TRANSPORT SYSTEM PERMEASE PROTEIN BTUC
C: Vitamin B12 transport ATP-binding protein btuD
D: Vitamin B12 transport ATP-binding protein btuD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,8406
ポリマ－126,0484
非ポリマー7922
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8920 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area45790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.990, 106.292, 95.543
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.29, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Asymmetric unit contains full transporter: two copies each of BtuC and BtuD

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要素

#1: タンパク質 VITAMIN B12 TRANSPORT SYSTEM PERMEASE PROTEIN BTUC


分子量: 35487.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: BTUC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06609
#2: タンパク質 Vitamin B12 transport ATP-binding protein btuD / Vitamin B12-transporting ATPase


分子量: 27536.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: BTUD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06611, EC: 3.6.3.33
#3: 化合物 ChemComp-V4O / CYCLO-TETRAMETAVANADATE


分子量: 395.759 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O12V4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.72 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 2000, LDAO, Tris, magnesium nitrate, MPD, D2O, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 mg/mlprotein1drop
2100 mMTris1reservoirpH8.0
3300 mMmagnesium nitrate1reservoir
421 %PEG20001reservoir
50.8 %MPD1reservoirin D2O

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.7712 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年12月18日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.7712 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→30 Å / Num. all: 30814 / Num. obs: 30660 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 3.2→3.29 Å / % possible all: 94.3
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.067
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94.3 % / Rmerge(I) obs: 0.448 / Mean I/σ(I) obs: 4.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.2→15 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.286 2944 Random
Rwork0.262 --
all-30126 -
obs-30066 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8378 0 32 0 8410
精密化
*PLUS
最低解像度: 15 Å / Rfactor obs: 0.262 / Rfactor Rfree: 0.286 / Rfactor Rwork: 0.262
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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