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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1l7v | ||||||
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タイトル | Bacterial ABC Transporter Involved in B12 Uptake | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN/HYDROLASE / ABC transporter / integral membrane protein / ATP binding cassette / ATP hydrolysis / Vitamin B12 / TRANSPORT PROTEIN-HYDROLASE COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ABC-type vitamin B12 transporter / BtuCD complex / cobalamin transport complex / ABC-type vitamin B12 transporter activity / cobalamin transport / extrinsic component of membrane / transmembrane transporter activity / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / ATP hydrolysis activity ...ABC-type vitamin B12 transporter / BtuCD complex / cobalamin transport complex / ABC-type vitamin B12 transporter activity / cobalamin transport / extrinsic component of membrane / transmembrane transporter activity / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Locher, K.P. / Lee, A.T. / Rees, D.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2002 タイトル: The E. coli BtuCD structure: a framework for ABC transporter architecture and mechanism. 著者: Locher, K.P. / Lee, A.T. / Rees, D.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1l7v.cif.gz | 214.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1l7v.ent.gz | 180.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1l7v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/1l7v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/1l7v | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | Asymmetric unit contains full transporter: two copies each of BtuC and BtuD |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35487.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: BTUC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06609 #2: タンパク質 | 分子量: 27536.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: BTUD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06611, EC: 3.6.3.33 #3: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.72 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG 2000, LDAO, Tris, magnesium nitrate, MPD, D2O, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.7712 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年12月18日 |
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.7712 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→30 Å / Num. all: 30814 / Num. obs: 30660 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.29 Å / % possible all: 94.3 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.067 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 94.3 % / Rmerge(I) obs: 0.448 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.2→15 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→15 Å
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 15 Å / Rfactor obs: 0.262 / Rfactor Rfree: 0.286 / Rfactor Rwork: 0.262 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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