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- PDB-1l7l: Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa lectin 1 determined b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1l7l
タイトルCrystal structure of Pseudomonas aeruginosa lectin 1 determined by single wavelength anomalous scattering phasing method
要素PA-I galactophilic lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Pseudomonas aeruginosa / lectin / agglutinin / single wavelength anomalous scattering phasing / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Southeast Collaboratory for Structural Genomics / SECSG
機能・相同性
機能・相同性情報


heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / carbohydrate binding / periplasmic space / cell surface / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PA-IL-like / PA-IL-like protein / Galactose-binding lectin / Galactose-binding-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PA-I galactophilic lectin
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / SAS / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Liu, Z.J. / Tempel, W. / Lin, D. / Karaveg, K. / Doyle, R.J. / Rose, J.P. / Wang, B.C. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG)
引用ジャーナル: AM.CRYST.ASSOC.,ABSTR.PAPERS (ANNUAL MEETING)
年: 2002
タイトル: Structure determination of P. aeruginosa lectin-1 using single wavelength anomalous scattering data from native crystals (P028)
著者: Liu, Z.J. / Tempel, W. / Lin, D. / Karaveg, K. / Doyle, R.J. / Rose, J.P. / Wang, B.C.
履歴
登録2002年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PA-I galactophilic lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8102
ポリマ－12,7701
非ポリマー401
水1,928107
1
A: PA-I galactophilic lectin
ヘテロ分子

A: PA-I galactophilic lectin
ヘテロ分子

A: PA-I galactophilic lectin
ヘテロ分子

A: PA-I galactophilic lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2418
ポリマ－51,0814
非ポリマー1604
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.259, 72.351, 133.886
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
詳細The active tetramer is generated by applying the following transformations to deposited coordinates: -x,1-y,z; -x,y,-z; x,1-y,-z

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要素

#1: タンパク質 PA-I galactophilic lectin / PA-IL / Galactose-binding lectin / lectin 1


分子量: 12770.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 参照: UniProt: Q05097
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.76 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: ammonium sulfate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年9月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 31830 / Num. obs: 31619 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 16.5 Å2 / Rsym value: 0.026 / Net I/σ(I): 61
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Mean I/σ(I) obs: 10 / Num. unique all: 3029 / Rsym value: 0.14 / % possible all: 96.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXモデル構築
反復単波長異常分散モデル構築
RESOLVEモデル構築
CNS1.1精密化
SHELX位相決定
反復単波長異常分散位相決定
RESOLVE位相決定
MAR345データ収集
精密化構造決定の手法: SAS / 解像度: 1.5→14.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 0.793 / SU ML: 0.031 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.057 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2002 1535 5 %RANDOM
Rwork0.19225 ---
obs0.19262 29435 97.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.435 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.14 Å20 Å20 Å2
2---0.19 Å20 Å2
3----0.94 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.18 Å0.17 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.06 Å-0.04 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→14.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数897 0 1 107 1005
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.021920
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02788
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3011.9161257
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.72231840
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9715120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2135
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021066
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02176
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.2145
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2520.2874
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.2514
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0920.258
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0620.23
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1520.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3270.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1290.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7371.5594
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3162950
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1693326
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3524.5307
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.207 124
Rwork0.184 2025
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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