+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1l6w | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Fructose-6-phosphate aldolase | ||||||
要素 | Fructose-6-phosphate aldolase 1 | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / alpha-beta barrel / domain swapping | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 fructose 6-phosphate aldolase activity / ketone catabolic process / 付加脱離酵素(リアーゼ); C-Cリアーゼ; アルデヒド基の付加脱離 / fructose metabolic process / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換 / 解像度: 1.93 Å | ||||||
データ登録者 | Thorell, S. / Schuermann, M. / Sprenger, G.A. / Schneider, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002 タイトル: Crystal structure of decameric fructose-6-phosphate aldolase from Escherichia coli reveals inter-subunit helix swapping as a structural basis for assembly differences in the transaldolase family. 著者: Thorell, S. / Schurmann, M. / Sprenger, G.A. / Schneider, G. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000 タイトル: Fructose-6-phosphate Aldolase Is a Novel Class I Aldolase from Escherichia coli and Is Related to a Novel Group of Bacterial Transaldolases 著者: Schuermann, M. / Sprenger, G.A. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1l6w.cif.gz | 422.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1l6w.ent.gz | 357 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1l6w.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/1l6w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/1l6w | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23016.756 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: fsa / プラスミド: pUC18fsa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 参照: UniProt: P78055, 付加脱離酵素(リアーゼ); C-Cリアーゼ; アルデヒド基の付加脱離 #2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.91 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: PEG4000, sodium acetate, glycerol, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 107 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年2月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.93→19.94 Å / Num. all: 200850 / Num. obs: 200177 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 11.3 Å2 / Limit h max: 59 / Limit h min: 0 / Limit k max: 65 / Limit k min: 0 / Limit l max: 95 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 3950506.21 / Observed criterion F min: 11 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 46 |
反射 シェル | 解像度: 1.93→1.96 Å / Rmerge(I) obs: 0.125 / Mean I/σ(I) obs: 18 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 200850 / Rmerge(I) obs: 0.038 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / Mean I/σ(I) obs: 18 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 単一同系置換 / 解像度: 1.93→19.94 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 60.0517 Å2 / ksol: 0.412232 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 61.2 Å2 / Biso mean: 18.93 Å2 / Biso min: 6.63 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine Biso |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.93→19.94 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0.006 / Total num. of bins used: 8
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.199 / Rfactor Rfree: 0.213 / Rfactor Rwork: 0.199 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.231 / Rfactor Rwork: 0.202 / Rfactor obs: 0.202 |