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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1l6w | ||||||
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タイトル | Fructose-6-phosphate aldolase | ||||||
![]() | Fructose-6-phosphate aldolase 1 | ||||||
![]() | LYASE / alpha-beta barrel / domain swapping | ||||||
機能・相同性 | ![]() ketone catabolic process / fructose 6-phosphate aldolase activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); C-Cリアーゼ; アルデヒド基の付加脱離 / fructose metabolic process / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Thorell, S. / Schuermann, M. / Sprenger, G.A. / Schneider, G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of decameric fructose-6-phosphate aldolase from Escherichia coli reveals inter-subunit helix swapping as a structural basis for assembly differences in the transaldolase family. 著者: Thorell, S. / Schurmann, M. / Sprenger, G.A. / Schneider, G. #1: ![]() タイトル: Fructose-6-phosphate Aldolase Is a Novel Class I Aldolase from Escherichia coli and Is Related to a Novel Group of Bacterial Transaldolases 著者: Schuermann, M. / Sprenger, G.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 422.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 357 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 511 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 537.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 92.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 128.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23016.756 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P78055, 付加脱離酵素(リアーゼ); C-Cリアーゼ; アルデヒド基の付加脱離 #2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.91 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: PEG4000, sodium acetate, glycerol, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 107 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年2月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.93→19.94 Å / Num. all: 200850 / Num. obs: 200177 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 11.3 Å2 / Limit h max: 59 / Limit h min: 0 / Limit k max: 65 / Limit k min: 0 / Limit l max: 95 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 3950506.21 / Observed criterion F min: 11 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 46 |
反射 シェル | 解像度: 1.93→1.96 Å / Rmerge(I) obs: 0.125 / Mean I/σ(I) obs: 18 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 200850 / Rmerge(I) obs: 0.038 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / Mean I/σ(I) obs: 18 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 60.0517 Å2 / ksol: 0.412232 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 61.2 Å2 / Biso mean: 18.93 Å2 / Biso min: 6.63 Å2
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Refine Biso |
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.93→19.94 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0.006 / Total num. of bins used: 8
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.199 / Rfactor Rfree: 0.213 / Rfactor Rwork: 0.199 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.231 / Rfactor Rwork: 0.202 / Rfactor obs: 0.202 |