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- PDB-1l6g: Alanine racemase bound with N-(5'-phosphopyridoxyl)-D-alanine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1l6g
タイトルAlanine racemase bound with N-(5'-phosphopyridoxyl)-D-alanine
要素alanine racemase
キーワードISOMERASE / alanine racemase / reaction mechanism / N-(5'-phosphopyridoxyl)-alanine
機能・相同性
機能・相同性情報


alanine racemase / D-alanine biosynthetic process / alanine racemase activity / peptidoglycan biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alanine racemase, pyridoxal-phosphate attachment site / Alanine racemase pyridoxal-phosphate attachment site. / Alanine racemase / Alanine racemase, C-terminal / Alanine racemase, C-terminal domain / Alanine racemase, C-terminal domain / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Alanine racemase, N-terminal / Alanine racemase, N-terminal domain / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 ...Alanine racemase, pyridoxal-phosphate attachment site / Alanine racemase pyridoxal-phosphate attachment site. / Alanine racemase / Alanine racemase, C-terminal / Alanine racemase, C-terminal domain / Alanine racemase, C-terminal domain / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Alanine racemase, N-terminal / Alanine racemase, N-terminal domain / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Alanine racemase / Alanine racemase/group IV decarboxylase, C-terminal / PLP-binding barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-(5'-PHOSPHOPYRIDOXYL)-D-ALANINE / Alanine racemase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Watanabe, A. / Yoshimura, T. / Mikami, B. / Hayashi, H. / Kagamiyama, H. / Esaki, N.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Reaction mechanism of alanine racemase from Bacillus stearothermophilus: x-ray crystallographic studies of the enzyme bound with N-(5'-phosphopyridoxyl)alanine.
著者: Watanabe, A. / Yoshimura, T. / Mikami, B. / Hayashi, H. / Kagamiyama, H. / Esaki, N.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Determination of the structure of alanine racemase from Bacillus stearothermophilus at 1.9-A resolution
著者: Shaw, J.P. / Petsko, G.A. / Ringe, D.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Reaction of alanine racemase with 1-aminoethylphosphonic acid forms a stable external aldimine
著者: Stamper, G.F. / Morollo, A.A. / Ringe, D.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Structure of a Michaelis complex analogue: propionate binds in the substrate carboxylate site of alanine racemase
著者: Morollo, A.A. / Petsko, G.A. / Ringe, D.
履歴
登録2002年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: alanine racemase
B: alanine racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,0314
ポリマ－87,3902
非ポリマー6402
水4,450247
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6200 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area27200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.787, 90.714, 85.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 alanine racemase


分子量: 43695.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
プラスミド: pAR310 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10724, alanine racemase
#2: 化合物 ChemComp-PDD / N-(5'-PHOSPHOPYRIDOXYL)-D-ALANINE / N-[2-メチル-3-ヒドロキシ-5-(ホスホノオキシメチル)ピリジン-4-イルメチル]-D-アラニン


タイプ: D-peptide linking / 分子量: 320.236 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H17N2O7P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 4000, sodium acetate, Tris-buffer, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 %(w/v)PEG40001reservoir
2200 mMsodium acetate1reservoir
3100 mMTris-HCl1reservoirpH8.5
410 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: MACSCIENCE / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1998年9月16日 / 詳細: carbon monochrometer
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→38.76 Å / Num. all: 50473 / Num. obs: 50473 / % possible obs: 86.87 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 7 Å2 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 6.67
反射 シェル解像度: 1.939→2.009 Å / 冗長度: 1.81 % / Mean I/σ(I) obs: 1.64 / Num. unique all: 5583 / Rsym value: 0.496 / % possible all: 76.1
反射
*PLUS
% possible obs: 86.9 % / Num. measured all: 201757 / Rmerge(I) obs: 0.077

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SAINTデータスケーリング
SAINTデータ削減
X-PLORモデル構築
CNS1精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 1L6F

1l6f


解像度: 2→7.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 591826.07 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 3982 10.1 %RANDOM
Rwork0.169 ---
obs0.169 39514 75.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 93.3228 Å2 / ksol: 0.407277 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 22.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.08 Å20 Å20 Å2
2--2.57 Å20 Å2
3----2.49 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.27 Å0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→7.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6066 0 42 247 6355
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.69
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.92
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.462
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.782.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.12 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 455 10 %
Rwork0.254 4073 -
obs--52.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PDA.PARAMPDA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 8 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 20.14 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.69
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.254

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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