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- PDB-1l5y: CRYSTAL STRUCTURE OF MG2+ / BEF3-BOUND RECEIVER DOMAIN OF SINORHI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1l5y
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF MG2+ / BEF3-BOUND RECEIVER DOMAIN OF SINORHIZOBIUM MELILOTI DCTD
要素C4-DICARBOXYLATE TRANSPORT TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN DCTD
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / Beryllofluoride bound two component receiver domain
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system / sequence-specific DNA binding / regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, conserved site / Sigma-54 interaction domain C-terminal part signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type ...Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, conserved site / Sigma-54 interaction domain C-terminal part signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Homeobox-like domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / BERYLLIUM DIFLUORIDE / BERYLLIUM TETRAFLUORIDE ION / C4-dicarboxylate transport transcriptional regulatory protein DctD
類似検索 - 構成要素
生物種Sinorhizobium meliloti (根粒菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Park, S. / Meyer, M. / Jones, A.D. / Yennawar, H.P. / Yennawar, N.H. / Nixon, B.T.
引用
ジャーナル: FASEB J. / 年: 2002
タイトル: Two-component signaling in the AAA + ATPase DctD: binding Mg2+ and BeF3- selects between alternate dimeric states of the receiver domain
著者: Park, S. / Meyer, M. / Jones, A.D. / Yennawar, H.P. / Yennawar, N.H. / Nixon, B.T.
#1: ジャーナル: FASEB J. / 年: 2001
タイトル: A dimeric two-component receiver domain inhibits the sigma54-dependent ATPase in DctD
著者: Meyer, M.G. / Park, S. / Zeringue, L. / Staley, M. / McKinstry, M. / Kaufman, R.I. / Zhang, H. / Yan, D. / Yennawar, N. / Yennawar, H. / Farber, G.K. / Nixon, B.T.
履歴
登録2002年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 300BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S) ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). IN THIS ENTRY CHAIN A AND B FORM THE DIMER THAT IS MOST LIKELY TO BE BIOLOGICALLY RELEVANT, BASED ON ITS USE OF THE SIGNALING SURFACE AS A DIMER INTERFACE AND UPON STRONG SIMILARITY TO FIXJ. HOWEVER, OTHER DIMER FORMS ARE PRESENT IN THE CRYSTAL LATTICE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C4-DICARBOXYLATE TRANSPORT TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN DCTD
B: C4-DICARBOXYLATE TRANSPORT TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN DCTD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,92123
ポリマ－33,6432
非ポリマー1,27821
水4,035224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.005, 76.837, 77.853
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細analytical ultracentrifugation indicates solution form is dimeric but which possible dimer or dimers of the crystal lattice are relevant to solution is not yet known

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 C4-DICARBOXYLATE TRANSPORT TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN DCTD / DctDNL


分子量: 16821.326 Da / 分子数: 2 / 断片: RECEIVER DOMAIN, RESIDUES 2-143 / 変異: E121K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti (根粒菌) / 遺伝子: dctD / プラスミド: pT143E121K / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21/De3/pLysS / 参照: UniProt: P13632

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非ポリマー , 7種, 245分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3
#5: 化合物
ChemComp-BF2 / BERYLLIUM DIFLUORIDE / ふっ化ベリリウム


分子量: 47.009 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF2
#6: 化合物 ChemComp-BF4 / BERYLLIUM TETRAFLUORIDE ION / テトラフルオロベリラ-ト


分子量: 85.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF4
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.77 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 8000, lithium sulfate, HEPES, beryllium chloride, sodium fluoride, magnesium chloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
pH: 5.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
150 mMsodium succinate1reservoirpH5.6
265-75 mM1reservoirHN4H2PO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年9月25日 / 詳細: MSC Blue Confocal Optical System
放射モノクロメーター: MSC Blue Confocal Optical System / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→43.24 Å / Num. all: 18672 / Num. obs: 18672 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.74 % / Biso Wilson estimate: 12.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 4.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 1.96 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 3331 / % possible all: 94.9
反射
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / % possible obs: 99.3 % / Num. measured all: 69850
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.3 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
d*TREKデータ削減
AMoRE位相決定
CNS1精密化
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QKK

1qkk


解像度: 2.1→19.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 259666.55 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 1840 9.9 %RANDOM
Rwork0.184 ---
all-18672 --
obs-18672 99.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 58.5434 Å2 / ksol: 0.418904 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 18.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.71 Å20 Å20 Å2
2---2.6 Å20 Å2
3---0.88 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.2 Å0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2220 0 75 224 2519
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.05
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.511.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.022
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.672
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.582.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 310 10.1 %
Rwork0.204 2754 -
obs--100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP1.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4CRY.PARAM
X-RAY DIFFRACTION5
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 9.8 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.05

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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