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万見
- PDB-1l5c: Solution Structure of the Monomeric Form of a Mutant Unliganded B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1l5c
タイトルSolution Structure of the Monomeric Form of a Mutant Unliganded Bovine Neurophysin, 20 Structures
要素NEUROPHYSIN 1
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR / NMR ANALYSIS NEUROPHYSIN MONOMER / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Vasopressin-like receptors / oxytocin receptor binding / neurohypophyseal hormone activity / V1A vasopressin receptor binding / neuropeptide hormone activity / G alpha (q) signalling events / secretory granule / response to estrogen / positive regulation of cold-induced thermogenesis / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Neurophysin II; Chain A / Neurohypophysial hormone domain / Neurohypophysial hormone / Neurohypophysial hormone, conserved site / Neurohypophysial hormone domain superfamily / Neurohypophysial hormones, C-terminal Domain / Neurohypophysial hormones, N-terminal Domain / Neurohypophysial hormones signature. / Neurohypophysial hormones / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Oxytocin-neurophysin 1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Nguyen, T.L. / Breslow, E.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: NMR analysis of the monomeric form of a mutant unliganded bovine neurophysin: comparison with the crystal structure of a neurophysin dimer.
著者: Nguyen, T.L. / Breslow, E.
履歴
登録2002年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NEUROPHYSIN 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2861
ポリマ－9,2861
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 NEUROPHYSIN 1


分子量: 9286.441 Da / 分子数: 1 / 変異: H80E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / プラスミド: T7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE)pLys-S / 参照: UniProt: P01175
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
2213D 15N-separated NOESY
332HNHA
1423D 13C-separated NOESY
3523D 13C-separated NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.4 mM H80E of bovine neurophysin I U-15N; 90% H2O, 10% D2090% H2O/10% D2O
21.4 mM H80E of bovine neurophysin I U-15N, 13C; 90% H20, 10% D2O90% H2O/10% D2O
30.7 mM des1-5 H80E of bovine neurophysin I U-15N; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
試料状態
Conditions-IDpH圧 (kPa)温度 (K)
17.5ambient 283 K
27.5ambient 298 K
37.5ambient 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipebaxデータ解析
NMRView4.1johnsonデータ解析
CNS0.9brunger構造決定
TALOSbaxデータ解析
CNS0.9brunger精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on 811 NOE-derived distance constraints, 50 hydrogen bond distance restraints, 72 torsion angle constraints, 46 JNHA coupling constants, 157 CA/CB and 108 1H chemical ...詳細: The structures are based on 811 NOE-derived distance constraints, 50 hydrogen bond distance restraints, 72 torsion angle constraints, 46 JNHA coupling constants, 157 CA/CB and 108 1H chemical shift restraints and the pairing of the protein's 7 disulfides.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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