ソフトウェア | 名称 | 分類 |
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SOLVE | 位相決定 | CNS | 精密化 | DENZO | データ削減 | SCALEPACK | データスケーリング |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.55→34.14 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 2053567.31 / Data cutoff high rms absF: 2053567.31 / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.259 | 7379 | 10.1 % | random |
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Rwork | 0.214 | - | - | - |
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all | 0.214 | 72923 | - | - |
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obs | 0.259 | 72923 | 95.4 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 33.7813 Å2 / ksol: 0.302009 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 47.6 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 0.21 Å2 | 0 Å2 | 2.75 Å2 |
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2- | - | -2.25 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 2.04 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.42 Å | 0.33 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.45 Å | 0.34 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.55→34.14 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 10121 | 0 | 0 | 194 | 10315 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.009 | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.4 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d23 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.96 | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.55→2.71 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.377 | 970 | 10 % |
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Rwork | 0.314 | 873 | - |
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obs | - | - | 76.8 % |
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精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.214 / Rfactor Rfree: 0.259 / Rfactor Rwork: 0.214 |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.41 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg23 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg0.96 | | | | | |
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.377 / Rfactor Rwork: 0.314 |
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