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万見
- PDB-1l4x: Octameric de novo designed peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1l4x
タイトルOctameric de novo designed peptide
要素SIN-ASP-GLU-LEU-GLU-ARG-ALA-ILE-ARG-GLU-LEU-ALA-ALA-ARG-ILE-LYS-NH2
キーワードDE NOVO PROTEIN / coiled coil / protein de novo design / ionic interactions / protein folding / protein oligomerization
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Meier, M. / Lustig, A. / Aebi, U. / Burkhard, P.
引用
ジャーナル: J.STRUCT.BIOL. / 年: 2002
タイトル: Removing an interhelical salt bridge abolishes coiled-coil formation in a de novo designed peptide
著者: Meier, M. / Lustig, A. / Aebi, U. / Burkhard, P.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Improving coiled-coil stability by optimizing ionic interactions
著者: Burkhard, P. / Ivaninskii, S. / Lustig, A.
#2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2000
タイトル: Design of a Minimal Protein Oligomerization Domain by a Structural Approach
著者: Burkhard, P. / Meier, M. / Lustig, A.
#3: ジャーナル: Structure / 年: 2000
タイトル: The Coiled-coil Trigger Site of the Rod Domain of Cortexillin I Unveils a Distinct Network of Interhelical and Intrahelical Salt Bridges
著者: Burkhard, P. / Kammerer, R.A. / Steinmetz, M.O. / Bourenkov, G.P. / Aebi, U.
履歴
登録2002年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 2.02023年6月7日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / entity / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _struct.title / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.label_asym_id / _struct_site_gen.label_seq_id
改定 3.02024年4月24日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_entity_src_syn / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conf / struct_conn / struct_ref_seq / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 3.12024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 400COMPOUND THE PEPTIDE DOES NOT FORM A COILED COIL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SIN-ASP-GLU-LEU-GLU-ARG-ALA-ILE-ARG-GLU-LEU-ALA-ALA-ARG-ILE-LYS-NH2
B: SIN-ASP-GLU-LEU-GLU-ARG-ALA-ILE-ARG-GLU-LEU-ALA-ALA-ARG-ILE-LYS-NH2
C: SIN-ASP-GLU-LEU-GLU-ARG-ALA-ILE-ARG-GLU-LEU-ALA-ALA-ARG-ILE-LYS-NH2
D: SIN-ASP-GLU-LEU-GLU-ARG-ALA-ILE-ARG-GLU-LEU-ALA-ALA-ARG-ILE-LYS-NH2
E: SIN-ASP-GLU-LEU-GLU-ARG-ALA-ILE-ARG-GLU-LEU-ALA-ALA-ARG-ILE-LYS-NH2
F: SIN-ASP-GLU-LEU-GLU-ARG-ALA-ILE-ARG-GLU-LEU-ALA-ALA-ARG-ILE-LYS-NH2
G: SIN-ASP-GLU-LEU-GLU-ARG-ALA-ILE-ARG-GLU-LEU-ALA-ALA-ARG-ILE-LYS-NH2
H: SIN-ASP-GLU-LEU-GLU-ARG-ALA-ILE-ARG-GLU-LEU-ALA-ALA-ARG-ILE-LYS-NH2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,14110
ポリマ－15,0818
非ポリマー602
水1,892105
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.628, 56.628, 113.869
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-25-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
SIN-ASP-GLU-LEU-GLU-ARG-ALA-ILE-ARG-GLU-LEU-ALA-ALA-ARG-ILE-LYS-NH2


分子量: 1885.150 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This peptide is a de novo designed sequence. / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
13.6966.67
2
3
結晶化
Crystal-ID手法pH詳細
1蒸気拡散法, ハンギングドロップ法4.6magnesium sulphate; sodium acetate or bicine, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 100K
2蒸気拡散法, ハンギングドロップ法4.6magnesium sulphate; sodium acetate or bicine, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 100K
3蒸気拡散法, ハンギングドロップ法9magnesium sulphate; sodium acetate or bicine, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 100K
結晶化
*PLUS
pH: 9
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
1100 mMBicine1reservoirpH9.0
260 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長波長 (Å)
回転陽極ELLIOTT GX-2011.54181.5418
回転陽極ELLIOTT GX-2021.54181.5418
シンクロトロンESRF ID2930.9762570.976257
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1IMAGE PLATE2001年2月23日
MARRESEARCH2IMAGE PLATE2001年3月9日
ADSC QUANTUM 43CCD2001年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
20.9762571
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 14920 / Num. obs: 14176 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 2→2.06 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.463 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 1004 / % possible all: 83.3
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / % possible obs: 96.4 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 83.3 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
TRUNCATEデータ削減
SHARP位相決定
CNS精密化
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換 / 解像度: 2→30.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: maximum likelihood target using amplitudes. The CG, CD, CE and NZ of LYS 15 in chains C and G are missing in the coordinates because they are disordered.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 711 5.1 %RANDOM
Rwork0.242 ---
all-14176 --
obs-13923 93.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: flat model / Bsol: 92.7455 Å2 / ksol: 0.414419 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.72 Å2-3.43 Å20 Å2
2--0.72 Å20 Å2
3----1.44 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.42 Å0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1000 0 58 105 1163
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d16.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it5.721.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it7.662
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it7.892
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it11.272.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.047 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.49 107 5.6 %
Rwork0.454 1815 -
obs-1922 79.6 %
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg16.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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