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- PDB-1l3h: NMR structure of P41icf, a potent inhibitor of human cathepsin L -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1l3h
タイトルNMR structure of P41icf, a potent inhibitor of human cathepsin L
要素MHC CLASS II-ASSOCIATED P41 INVARIANT CHAIN FRAGMENT (P41icf)
キーワードIMMUNE SYSTEM / ALPHA HELIX / BETA SHEET / DISULFIDE BONDS
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of peptide secretion / macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / NOS2-CD74 complex / MHC class II protein binding, via antigen binding groove / antigen processing and presentation of endogenous antigen / positive regulation of dendritic cell antigen processing and presentation / negative regulation of T cell differentiation / macrophage migration inhibitory factor binding / positive regulation of macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / protein trimerization ...negative regulation of peptide secretion / macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / NOS2-CD74 complex / MHC class II protein binding, via antigen binding groove / antigen processing and presentation of endogenous antigen / positive regulation of dendritic cell antigen processing and presentation / negative regulation of T cell differentiation / macrophage migration inhibitory factor binding / positive regulation of macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / protein trimerization / macrophage migration inhibitory factor receptor complex / positive regulation of cytokine-mediated signaling pathway / T cell activation involved in immune response / positive regulation of prostaglandin biosynthetic process / T cell selection / positive regulation of type 2 immune response / host-mediated suppression of symbiont invasion / negative thymic T cell selection / MHC class II protein binding / negative regulation of mature B cell apoptotic process / positive regulation of kinase activity / positive regulation of monocyte differentiation / positive thymic T cell selection / vacuole / CD4 receptor binding / cytokine receptor activity / positive regulation of neutrophil chemotaxis / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / prostaglandin biosynthetic process / positive regulation of macrophage cytokine production / positive regulation of T cell differentiation / regulation of macrophage activation / transport vesicle membrane / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / nitric-oxide synthase binding / antigen processing and presentation / cytokine binding / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / immunoglobulin mediated immune response / : / response to type II interferon / positive regulation of chemokine production / positive regulation of B cell proliferation / multivesicular body / protein folding chaperone / MHC class II antigen presentation / lysosomal lumen / negative regulation of cell migration / trans-Golgi network membrane / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of interleukin-8 production / Cell surface interactions at the vascular wall / intracellular protein transport / MHC class II protein complex / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of fibroblast proliferation / MHC class II protein complex binding / endocytic vesicle membrane / late endosome / positive regulation of protein phosphorylation / amyloid-beta binding / protein-containing complex assembly / positive regulation of viral entry into host cell / lysosome / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of MAPK cascade / protein stabilization / external side of plasma membrane / Golgi membrane / lysosomal membrane / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / protein-containing complex / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thyroglobulin type-1 / Invariant Chain; Chain I / MHC class II-associated invariant chain, trimerisation / MHC class II-associated invariant chain/CLIP, MHC II-interacting / MHC class II-associated invariant chain / MHC class II-associated invariant chain, trimerisation domain superfamily / HLA class II histocompatibility antigen, gamma subunit / Class II MHC-associated invariant chain trimerisation domain / CLIP, MHC2 interacting / : ...Thyroglobulin type-1 / Invariant Chain; Chain I / MHC class II-associated invariant chain, trimerisation / MHC class II-associated invariant chain/CLIP, MHC II-interacting / MHC class II-associated invariant chain / MHC class II-associated invariant chain, trimerisation domain superfamily / HLA class II histocompatibility antigen, gamma subunit / Class II MHC-associated invariant chain trimerisation domain / CLIP, MHC2 interacting / : / Thyroglobulin type-1 repeat signature. / Thyroglobulin type-1 / Thyroglobulin type-1 superfamily / Thyroglobulin type-1 repeat / Thyroglobulin type-1 domain profile. / Thyroglobulin type I repeats. / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class II histocompatibility antigen gamma chain
類似検索 - 構成要素
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing with restrained molecular dynamics
データ登録者Chiva, C. / Barthe, P. / Codina, A. / Giralt, E.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2003
タイトル: Synthesis and NMR structure of P41ICF, a potent inhibitor of human cathepsin L
著者: Chiva, C. / Barthe, P. / Codina, A. / Gairi, M. / Molina, F. / Granier, C. / Pugniere, M. / Inui, T. / Nishio, H. / Nishiuchi, Y. / Kimura, T. / Sakakibara, S. / Albericio, F. / Giralt, E.
履歴
登録2002年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC CLASS II-ASSOCIATED P41 INVARIANT CHAIN FRAGMENT (P41icf)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,2611
ポリマ－7,2611
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 600structures with the lowest energy,target function
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 MHC CLASS II-ASSOCIATED P41 INVARIANT CHAIN FRAGMENT (P41icf) / HLA class II histocompatibility antigen / gamma chain


分子量: 7261.075 Da / 分子数: 1 / 断片: THYROGLOBULIN-LIKE DOMAIN / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans. / 参照: UniProt: P04233
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111DQF-COSY
1212D TOCSY
1312D NOESY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

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試料調製

詳細内容: 1mM P41icf; 20mM phosphate buffer, 0.01mM NaN3 / 溶媒系: 85% H20, 15% D2O
試料状態pH: 5.7 / 圧: ambient / 温度: 288 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX8001
Bruker DRXBrukerDRX6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipeDelaglio解析
NMRViewJohnsonデータ解析
DYANA1.5Guntert構造決定
Amber5Case精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing with restrained molecular dynamics
ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 981 restraints, 925 are NOE-derived distance constraints, 56 dihedral angle restraints
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy,target function
計算したコンフォーマーの数: 600 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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